• 课程简介

    互动直播 + 腾讯会议答疑 + 无限次回看

    学习方式

    • 在线直播
    • 每天晚上 2小时,共10天
    • 无限次回看视频
    • 通过微信群、腾讯会议终生答疑

    配套资料

    • 自编配套教材
    • 一整套分析代码和测试数据
    • 预装了所有软件的 Linux 服务器
    • 赠送18天的普通转录组直播课程
    • 赠送 Linux、Perl、Python 、ggplot 、转录组等10门生物信息基础课程
  • 课程安排

    本次课程将系统介绍 Python 在生物信息学中的应用,适合生物和医学专业参加。

    后2天课程增加了 awk 和 sed 命令的详解,用于处理个性化的问题。

    第一天 环境搭建

    1. Linux、Perl、Python、R、C 语言比较

    2. 基础开发环境搭建:安装 Python 和模块

    3. Python 程序的运行方式:交互式、脚本式、解释器等

    4. 集成开发环境的选择(anaconda、VSCode、Pycharm、Spyder、Rstudio)

    5. 如何使 Python 与R、Linux 无缝对接

    6. 集成开发环境部署和使用

    第二天 Python 基础(上)

    1. 通过一个例子快速入门

    2. 基础数据类型:数值和字符串

    3. 序列型变量:列表(list)和元祖(tuple)

    4. 键值型变量:字典(dict)和集合(set)

    5. 理解变量的动态类型

    6. 理解可变类型和不可变类型

    第三天 Python 基础(下)

    1. 流程控制:循环(for)、条件(if)

    2. 高级特性:切片

    3. 高级特性:迭代

    4. 高级特性:列表生成式

    5. 定义自己的函数

    第四天 字符串与正则表达式

    1. 常用字符处理函数

    2. 正则表达式详解

    3. re 模块介绍

    4. 匹配和捕获

    第五天 生信编程(上):fasta 格式处理

    1. 生物信息常见数据格式介绍

    2. BioPython 介绍

    3. 使用 Seq 对象 和 SeqRecord 对象存储序列

    4. 使用 SeqIO 解析 fasta 文件

    第六天 生信编程(中):重写 seqtk 软件

    1. 实战一:计算基因序列总长

    2. 实战二:提取最长基因

    3. 实战三:序列反向互补、序列转录和翻译

    4. 实战四:随机抽取序列

    5. 实战五:根据编号提取序列、根据位置提取序列

    6. 实战六:序列改名字

    第七天 生信编程(下):gff/gtf 格式处理

    1. gffutils 模块详解

    2. 实战一:对不同物种不完整的 gff 文件进行处理

    3. 实战二:提取最长转录本

    第八天 数据科学

    1. numpy 模块介绍
    2. pandas 模块介绍
    3. matplotlib 模块介绍

    4. Python 与 R 的无缝对接

    第九天 sed 与 awk (上)

    1. grep sed awk基本介绍
    2. 正则表达式介绍
    3. grep基本使用
    4. sed 基本用法介绍
    5. sed中的替换、打印等命令
    6. sed中正则表达式及定址使用

    第十天 sed 与 awk (下)

    1. awk 使用方法讲解
    2. 字段、记录及打印输出
    3. 模式中表达式的使用
    4. 条件判断、循环的使用
    5. 常用内置函数介绍
    6. 实战一:计算fasta文件每条序列长度及总长
    7. 实战二:统计gff3文件每个转录本长度

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成 30多 门视频课程的开发,累计学员 8000 余人。

    线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办培训班 30多 期。

    Python 部分主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

    awk sed 部分主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 常见问题

    1. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    2. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:每晚腾讯会议答疑,学员可以共享屏幕

    3. 我是零基础,能学会吗?

    本科课程分为两部分:

    第一部分 Python 编程,8天,不需要任何基础,能学会。

    第二部分 awk 和 sed,2天,需要 Linux 基础。

    4. 电脑配置有什么要求?

    建议 4G以上内存,如果自己电脑配置不够,我们准备了云端的练习系统供学员使用。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对公转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    6. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
    • 合同:可提供合同、发票清单等
    • 请到基因课公众号菜单索取发票
  • 联系我们

    留言或直接联系我们

    武汉,光谷云计算海外高新企业孵化中心
    工作日,9:00 - 18:00
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