• 课程简介

    互动直播 + 腾讯会议答疑 + 无限次回看

    学习方式

    • 在线直播
    • 每天 1.5 小时,连续 15天
    • 无限次回看视频
    • 通过微信群、腾讯会议终生答疑

    配套资料

    • 自编配套教材
    • 一整套分析代码和测试数据
    • 预装了所有软件的 Linux 服务器
  • 课程安排

    零基础生物信息入门普及课程,包含测序原理、Linux入门、R入门、转录组分析。

    第一天

    测序原理

    1. illumina 测序原理

    2. PacBio 测序原理

    3. Nanopore 测序原理

    第二天

    Linux 基础

    1.Linux 简介

    2.远程登陆

    3. 数据传输

    3. Linux 常用命令

    第三天

    生物信息软件安装

    1. Perl、R、Python 及其包(模块)安装和管理

    2. 从源代码安装生物信息软件

    3. 使用 conda 安装和管理生物信息软件

    4. 使用 Singularity 容器部署生物信息软件

    第四天

    任务练习

    1. 任务一:使用 fastp 进行测序数据的过滤和质控

    2. 任务二:油脂合成相关基因家族分析案例实操

    3. 高级命令:awk、sed、grep、uniq、sort 、wc、xargs 等

    4. 任务的后台运行

    5. 任务的监控和管理

    第五天

    转录组基本原理与方案设计

    1. 方案设计:测序量与生物学重复

    2. 方案设计:混池测序

    3. 方案设计:平衡设计与批次效应

    4. 比对:软件的选择、比对率

    5. 定量:多处比对的处理、基因层次还是isoform层次定量

    6. 标准化:FPKM、TPM、TMM

    7. 数据挖掘:差异表达、富集分析、PCA、聚类等

    第六天

    数据预处理

    1. 从 SRA 下载测序数据

    2. fastq 数据格式介绍

    3. 测序数据质量体系介绍

    4. 数据过滤与质控

    5. 下载参考基因组

    6. gff/gtf 文件整理、格式转换

    第七天

    将测序数据比对到参考基因组

    1. 下载和整理参考基因组

    2. 使用 hisat2 将测序数据比对到参考基因组

    3. 比对结果统计

    4. 使用 IGV 进行数据可视化

    第八天

    表达定量与标准化

    1. 使用 featureCounts 进行表达定量

    2. 使用 R 语言计算 FPKM、TPM

    3. 整合表达矩阵用于后续分析

    第九天

    功能注释与整理基因信息表

    1. 没有功能注释的物种进行功能注释

    2. 有功能注释的物种整理基因信息表

    第十天

    R 语言介绍与开发环境搭建

    1. Linux 、Shell、R、Perl、Python 在生物信息学中的应用

    2. R 语言、Rstudio 安装

    3. R 包的安装

    第十一天

    R 语言基础

    1.一个例子快速入门

    2. 数据类型:数值型、字符型、逻辑性

    3. 数据结构:向量、数据框、列表、因子

    4. 流程控制:条件、循环

    5. 函数:参数、返回值等

    6. 输入输出:从文本、Excel输入;输出文本、Excel、图片等

    第十二天

    Tidyverse

    1. Tidyverse 体系介绍:tibble、tidyr、dplyr、stringr、ggplot2、purrr 等包

    2. tibble:dataframe 与 tibble 的区别和转换

    3. tidyr:长数据格式与宽数据格式的转换

    4. dplyr:筛选、过滤、排序、分组统计、双表关联等

    第十三天

    样本相关性分析、聚类分析、主成分分析

    1. 样本相关性分析

    2. 聚类分析

    3. 主成分分析(PCA)

    第十四天

    差异表达分析

    1. 差异表达分析

    2. 使用 EnhancedVolcano 绘制火山图

    3. 使用 ggplot2 绘制火山图

    4. 使用 pheatmap 绘制热图

    第十五天

    差异基因的富集分析

    1. clusterProfiler 软件包介绍

    2. GO 富集及绘图

    3. Pathway 富集及绘图

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成 30多 门视频课程的开发,累计学员 8000 余人。

    线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办培训班 30多 期。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

    助教老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 常见问题

    1. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 有效期内可以无限次回放。

    2. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:通过腾讯会议答疑,学员可以共享屏幕

    3. 我是零基础,能学会吗?

    本课程专为零基础设计,内容相对简单,而且课程周期长,配合互动答疑,只要肯花时间,跟上节奏,一定能学会的。

    4. 电脑配置有什么要求?

    没有特别高的要求,平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对公转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    6. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
    • 合同:可提供合同、发票清单等