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    连续 16 天慢直播,腾讯会议实时互动

    送:全套分析流程、19门视频课程、1年高性能服务器使用权

    第一天

    测序原理

    1. illumina 测序原理

    2. PacBio 测序原理

    3. Nanopore 测序原理

    4. 二三代测序技术与基因组组装策略

    第二天

    Linux 基础

    1.Linux 简介

    2.远程登陆

    3. 数据传输

    3. Linux 常用命令

    第三天

    基因组软件安装与流程部署

    1.使用 conda 自动安装和管理软件

    2.手动编译和安装软件(samtools、augustus等)

    3. 安装重复序列注释软件 RepeatMasker、Repeatmodeler

    4. 部署基因组注释流程 Braker 和 Maker

    5. 安装共线性分析软件 MCScanX

    第四天

    任务练习

    1. 任务一:使用 fastp 进行测序数据的过滤和质控

    2. 任务二:油脂合成相关基因家族分析案例实操

    3. 高级命令:awk、sed、grep、uniq、sort 、wc、xargs 等

    4. 任务的后台运行

    5. 任务的监控和管理

    第五天

    基因组 Survey

    1. 基因组 Survey 原理

    2. 使用 jellyfish 进行 Kmer 分析及曲线绘制

    3. 使用 gce 及 genomescope进行基因组大小估计、
    杂合度估计、重复序列含量估计

    4. 基因组测序及拼接策略制定

    第六天

    基因组拼接

    1. 二代和三代数据拼接原理

    2. 二代拼接实操:使用soapdenovo、spades进行基因组拼接

    3. 三代拼接实操:使用canu、wtdbg2进行基因组拼接

    4. 使用 pilon 对三代拼接结果进行校正

    5. 基于HiC数据进行染色体挂载

    第七天

    基因结构注释

    1. 重复序列注释方法原理

    2. 基因结构注释方法原理

    3. 基因结构注释实操:Augustus 参数模型训练

    4. 基因结构注释实操:使用 Maker 进行基因结构注释

    5. 细节处理:ID 转换、格式标准化等

    第八天

    基因功能注释

    1. Blast 与基于序列相似性的功能注释

    2. Hmmer 与基于保守结构的功能注释

    3. Gene Ontoloty 功能分类数据库介绍

    4. KEGG Pathway 数据库介绍

    5. 功能注释实操及分析结果统计

    第九天

    基因组评价

    1. N50 等指标统计

    2. BUSCO 软件安装

    3. 使用 BUSCO 对组装和注释结果进行评价

    第十天

    基因家族鉴定

    1. 同源基因与基因家族概念介绍

    2. 近缘物种的选择及蛋白序列下载

    3. 提取最长转录本代表该基因序列

    4. 使用 Orthofinder 进行基因家族鉴定

    5. 维恩图绘制

    6. 单拷贝基因家族提取

    第十一天

    进化树构建与物种分化时间估计

    1. 进化树构建及分化时间估计原理

    2. 基因树构建实操:使用raxml进行进化树构建

    3. 物种树构建实操:使用连接法基于surpergene构建物种树
    4. 使用ASTRAL‑II基于基因树构建物种数

    5. 使用mcmctree基于DNA序列进行分化时间估计

    6. 使用mcmctree基于蛋白序列进行分化时间估计

    第十二天

    基因家族收缩与扩张

    1.基因家族收缩扩张原理及解读

    2.实操:使用CAFE软进行基因家族收缩扩张分析

    3.提取显著收缩和扩张的基因家族

    第十三天

    共线性分析

    1. 使用 MCScanX
    2. 物种间共线性分析

    3. 物种内共线性分析

    4. 共线性画图

    第十四天

    正选择分析

    1. 正选择分析原理

    2. 2 物种间直系同源基因鉴定

    3. 使用 KaKs_Calculator 进行正选择分析

    第十五天

    全基因组复制事件(WGD)研究

    1. 全基因组复制分析原理

    2. 基于 Ks 进行全基因组复制分析

    3. WGD 分析结果绘图

    第十六天

    Circos 绘图

    1. circos 软件基本介绍

    2. 绘图数据准备

    3. circos配置文件讲解

    4. 使用circos 软件进行绘图

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成 14 门视频课程的开发,累计学员 3000 余人。

    线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办快速入门班 11 期、周末成长班 2 期,累计培训学员 500 余人。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

    主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 常见问题

    1. 在哪里学习?

    • PC 端:genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    2. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:学员可以进入腾讯会议语音互动,分享屏幕

    3. 我是零基础,能学会吗?

    前4天为基础课程,后12天为专题课程。基础课程会从测序原理、Linux 等开始讲,所以零基础完全可以掌握。

    相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,完全可以掌握。

    4. 电脑配置有什么要求?

    没有特别高的要求,平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对共转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    5. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
    • 合同:可提供合同、发票清单等
    • 请填写发票信息:http://genek-tv.mikecrm.com/OR10c7i