• 课程体系

    完整且不断更新的课程体系

  • 2020 年生物信息专业课程表

    我们为您提供从入门到精通的系统培训,赠送教材、分析流程、分析服务器和视频课程

    持续更新中。。。

    【基因课】武汉 | 2月17日-21日

    生信平台搭建与 Python 编程专题

    >因疫情取消

    【基因课】北京 | 3月27日-31日

    基因组与比较基因组专题

    >报名中

    【基因课】武汉 | 4月10日-12日

    生物信息出版级绘图专题

    >报名中

    【基因课】北京 | 5月23日-27日

    基因组重测序与群体研究专题

    >报名中

    【基因课】武汉 | 6月17日 - 21日

    转录组数据深度挖掘与可视化

    >报名中

    【基因课】北京 | 7月22日 - 26日

    转录组数据深度挖掘与可视化

    >报名中

    【基因课】武汉 | 8月5日 - 9日

    基因组重测序与群体研究专题

    >报名中

  • 2020 年生物信息专业课程表

    我们为您提供从入门到精通的系统培训,赠送教材、分析流程、分析服务器和视频课程

    持续更新中。。。

    武汉 | 2020年2月17日-21日(因疫情取消)

    生信平台搭建与 Python 编程专题

    • 服务器选购、配置清单
    • 服务器搭建、系统安装、网络配置
    • 基础软件安装与包管理:Perl、R、Python
    • Rstudio Server 安装
    • 私有 Blast 网站搭建
    • 常用数据库部署
    • 基因组、转录组、重测序常用软件安装
    • Python 基础(变量、控制流、输入输出等)
    • 小程序开发:统计 fasta 文件大小、GC、提取序列
    • BioPython
    • >>详细课表

    北京 | 3月27日-31日|报名中

    基因组与比较基因组专题

    • 重复一篇基因组文章
    • 生物信息基础:测序原理、Linux、软件安装等
    • 基因组拼接(二代、三代)
    • 重复序列注释、基因结构注释、基因功能注释
    • 基因家族鉴定(扩张收缩、串联复制、正选择、韦恩图等)
    • 共线性分析(全基因组复制等)
    • 进化树构建(物种树、基因树)
    • >>详细课表

    武汉 | 2020年4月17日-19日|报名中

    生物信息出版级绘图专题

    • 重复一篇转录组文章核心内容
    • 生物信息基础:测序原理、Linux、软件安装等
    • 转录组原理与方案设计、公司结题报告解读
    • 转录组标准分析
    • 差异表达分析
    • R语言基础:环境部署、数据类型、输入输出、数据处理
    • GO 和 Pathway富集分析、PCA、聚类、Heatmap
    • WGCNA 加权共表达分析
    • Cytocape 网络图绘制
    • >>详细课表

    北京 | 5月23日-27日|报名中

    基因组重测序与群体研究专题

    • 生物信息基础:测序原理、Linux、软件安装等
    • 比对(bwa、samtools、picard 等软件的使用)
    • 变异检测(bcftools、GATK等软件的使用)
    • 变异注释(SnpEff 等软件的使用)
    • 群体结构分析:进化树、PCA、admixture等
    • 群体选择分析:杂合率、π、Tajima'D、Fst、XPCLR等
    • 群体关联分析:GWAS、BSA
    • >>详细课表

    武汉 | 6月17日-21日|报名中

    R 语言与转录组数据挖掘

    • 重复一篇转录组文章核心内容
    • 生物信息基础:测序原理、Linux、软件安装等
    • 转录组原理与方案设计、公司结题报告解读
    • 转录组标准分析
    • 差异表达分析
    • R语言基础:环境部署、数据类型、输入输出、数据处理
    • GO 和 Pathway富集分析、PCA、聚类、Heatmap
    • WGCNA 加权共表达分析
    • Cytocape 网络图绘制
    • >>详细课表

    武汉 | 7月22日-26日|报名中

    R 语言与转录组数据挖掘

    • 生物信息基础:测序原理、Linux、软件安装等
    • 比对(bwa、samtools、picard 等软件的使用)
    • 变异检测(bcftools、GATK等软件的使用)
    • 变异注释(SnpEff 等软件的使用)
    • 群体结构分析:进化树、PCA、admixture等
    • 群体选择分析:杂合率、π、Tajima'D、Fst、XPCLR等
    • 群体关联分析:GWAS、BSA
    • >>详细课表

    武汉 | 8月5日-9日|报名中

    基因组重测序与群体研究专题

    • 生物信息基础:测序原理、Linux、软件安装等
    • 比对(bwa、samtools、picard 等软件的使用)
    • 变异检测(bcftools、GATK等软件的使用)
    • 变异注释(SnpEff 等软件的使用)
    • 群体结构分析:进化树、PCA、admixture等
    • 群体选择分析:杂合率、π、Tajima'D、Fst、XPCLR等
    • 群体关联分析:GWAS、BSA
    • >>详细课表
    •  

    北京 |9月25日-27日|报名中

    生物信息出版级绘图专题

    • Linux 基础
    • R 语言基础
    • 表观遗传学原理
    • Chip-Seq 原理及数据分析
    • ATAC-Seq 原理及数据分析
    • BS-Seq(甲基化测序)原理及数据分析
    • >>详细课程

    武汉 | 10月21日-25日|报名中

    基因组与比较基因组专题

    • Linux 基础
    • R 语言基础
    • 表观遗传学原理
    • Chip-Seq 原理及数据分析
    • ATAC-Seq 原理及数据分析
    • BS-Seq(甲基化测序)原理及数据分析
    • >>详细课程
  • 课程安排

    课前预习

    提前预习基因课视频(www.genek.tv)、安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》

    2. 视频课程:《生物信息软件安装》

    3. 视频课程:《测序数据过滤和质控》

    4. 服务器安装:blast、fastp、Soapdenovo

    5. 个人电脑安装:Mega

    第一天

    Linux 基础

    1. 测序原理:illumina、PacBio、Nanopore

    2. 计算机基础:CPU、内存、硬盘、核、进程、并行计算等

    3. Linux 常用命令

    4. 生物信息软件安装:手动安装、自动安装

    第二天

    Linux 下数据分析实操

    1. 高级命令:grep、sort、awk、sed 等

    2. 任务练习:测序数据过滤和质控

    3. 任务练习:基因家族分析

    第三天

    基因组拼接

    1. 基因组Survey:基因组大小、杂合度、重复序列含量评估

    2. 拼接策略制定:二代、三代、Hi-C等

    3. 拼接原理

    4. 拼接软件:SOAPdenovo、canu、pilion 等

    第四天

    基因组注释

    1. 重复序列注释:RepeatMasker

    2. 基因结构注释:使用 BRAKER 训练参数模型

    2. 基因结构注释:使用 Maker 自动化注释

    3. 基因功能注释:eggnog-mapper 结合自主开发流程

    第五天

    比较基因组

    1. 基因家族鉴定:orthofinder、韦恩图

    2. 物种树构建

    3. 共线性分析:MCscanX、共线性图

    4. 基因家族分析:同源基因鉴定、进化树构建、进化树美化
    5. 正选择分析

  • 课程安排

    本次课程需有 Linux 基础,至少需掌握常用的 20 个 Linux 命令。

    不是我做你看,而是带着你纯实战。

    每个学员分配一台服务器,手把手带你搭建生物信息平台、部署分析流程。

    课前预习

    预习基因课视频课程(www.genek.tv)并安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》《生物信息入门之 Python》

    2. 个人电脑安装:MobarXterm(远程登录)、Anaconda(Python开发环境)

    第一天

    服务器搭建

    1. 服务器选购:从 5千 到 50万的服务器配置,戴尔、浪潮的配置清单供参考

    2. 组建 RAID 阵列确保数据安全

    3. 现场演示 Linux 系统安装

    4. 磁盘分区、格式化

    5. 磁盘配额:控制每个用户的空间大小

    6. 服务器网络配置

    7. 远程登录与 SSH 服务服务配置

    8. 管理面板安装:可视化管理服务器

    第二天

    基本功能配置

    1. 基础软件安装

       - R 语言和 R 包的自动化安装

       - Perl 语言和 Perl 模块的自动化安装

       - Python 语言与 Python 模块的自动化安装

    2. Rstudio Server 安装与配置

    3. Blast Server 部署:拥有私有 Blast 网站

    4. Anaconda 安装和配置

    5. 生物信息数据库部署

    6. 常见物种参考基因组下载和管理

    第三天

    分析流程部署

    1. 50款常用生物信息软件安装

       - 基本工具:fastqc、fastp、blast+、Diamond、Bowtie2、muscle、RAxML 等

    2. 基因组分析软件和流程部署
        - 安装 Jellyfish、GCE、ALLPATH-LG、CANU、RepeatMasker、Augustus、Maker、Orthofinder、MCScanX 等软件

       - 部署基因课提供的整套基因组分析流程

    3. 转录组分析软件软件和流程部署

       - 安装 Trinity、Hisat2、StringTie、corset、RSEM、DESeq2、edgeR、ClusterProfiler 等软件

       - 部署基因课提供的整套转录组分析流程
    4. 重测序分析软件安装和流程部署
    - 安装 BWA、samtools、picard、bedtools、vcftools、bcftools、GATK、SNPEff 等软件

       - 部署基因课提供的整套重测序分析流程

    第四天

    Python 基础

    1. Perl、Python、R、C、Java等语言比较

    2. Python 编程环境搭建

    3. 数据类型:数值型、字符型、布尔型

    4. 数据结构:标量、列表、字典

    5. 流程控制:条件控制、循环控制

    6. 输入输出:读取文件内容,输出结果

    第五天

    小程序开发

    1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息

    2. 读取外部参数

    3. 项目实战:根据基因位置、名称提取基因序列

    4. 项目实战:处理 blast 比对结果

    5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件

    6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容