• 课程安排

    本次课程需有 Linux 基础,至少需掌握常用的 20 个 Linux 命令。

    不是我做你看,而是带着你纯实战。

    每个学员分配一台服务器,手把手带你搭建生物信息平台、部署分析流程。

    课前预习

    预习基因课视频课程(www.genek.tv)并安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》《生物信息入门之 Python》

    2. 个人电脑安装:MobarXterm(远程登录)、Anaconda(Python开发环境)

    第一天

    服务器搭建

    1. 服务器选购:从 5千 到 50万的服务器配置,戴尔、浪潮的配置清单供参考

    2. 组建 RAID 阵列确保数据安全

    3. 现场演示 Linux 系统安装

    4. 磁盘分区、格式化

    5. 磁盘配额:控制每个用户的空间大小

    6. 服务器网络配置

    7. 远程登录与 SSH 服务服务配置

    8. 管理面板安装:可视化管理服务器

    第二天

    基本功能配置

    1. 基础软件安装

       - R 语言和 R 包的自动化安装

       - Perl 语言和 Perl 模块的自动化安装

       - Python 语言与 Python 模块的自动化安装

    2. Rstudio Server 安装与配置

    3. Blast Server 部署:拥有私有 Blast 网站

    4. Anaconda 安装和配置

    5. 生物信息数据库部署

    6. 常见物种参考基因组下载和管理

    第三天

    分析流程部署

    1. 50款常用生物信息软件安装

       - 基本工具:fastqc、fastp、blast+、Diamond、Bowtie2、muscle、RAxML 等

    2. 基因组分析软件和流程部署
        - 安装 Jellyfish、GCE、ALLPATH-LG、CANU、RepeatMasker、Augustus、Maker、Orthofinder、MCScanX 等软件

       - 部署基因课提供的整套基因组分析流程

    3. 转录组分析软件软件和流程部署

       - 安装 Trinity、Hisat2、StringTie、corset、RSEM、DESeq2、edgeR、ClusterProfiler 等软件

       - 部署基因课提供的整套转录组分析流程
    4. 重测序分析软件安装和流程部署
    - 安装 BWA、samtools、picard、bedtools、vcftools、bcftools、GATK、SNPEff 等软件

       - 部署基因课提供的整套重测序分析流程

    第四天

    Python 基础

    1. Perl、Python、R、C、Java等语言比较

    2. Python 编程环境搭建

    3. 数据类型:数值型、字符型、布尔型

    4. 数据结构:标量、列表、字典

    5. 流程控制:条件控制、循环控制

    6. 输入输出:读取文件内容,输出结果

    第五天

    小程序开发

    1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息

    2. 读取外部参数

    3. 项目实战:根据基因位置、名称提取基因序列

    4. 项目实战:处理 blast 比对结果

    5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件

    6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容

  • 讲师介绍

    一线工程师、CNS一作授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成 14 门视频课程的开发,累计学员 3000 余人。

    线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办快速入门班 11 期、周末成长班 2 期,累计培训学员 500 余人。

    主讲老师 张旭东

    曾任北京东方国信科技股份有限公司 Java 工程师。

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 往期精彩

    学习知识 结交朋友

  • 报名费用

    单期

    4500/人

    • 前10人优惠 500元
    • 老学员优惠 500元
    • 老学员推荐优惠100元
    • 3人组团,每人优惠300元;5人组团,每人优惠500元;
    • 以上优惠不可叠加。

    超级会员

    10900/人(原价14800/人)

    • 可参加1年内所有培训班
    • 承诺1年内举办培训班不少于 10 期
    • 邮递1年内内所有培训班教材
    • 有效期从参加第一期培训班开始计算
  • 报名

    提前报名,享受优惠,报名后会发送资料至邮箱

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