• 课程安排

    本次课程主要讲解细菌和真菌基因组组装、注释、比较基因组分析以及

    功能基因挖掘、次生代谢产物研究和耐药分子机制研究等。


    本次课程共7天,每天晚上直播 90分钟,理论+实操,提供全套流程代码,提供练习服务器。

    通过本次课程,您将能够独立完成以上分析。

    课前预习

    预习基因课赠送视频

    1. illumina 、PacBio 、Nanopore 测序原理

    2. Linux 基础

    叶绿体基因组Circos图

    第一天

    微生物基因组研究内容

    1. 微生物基因组的研究内容

    2. 微生物基因组研究的一般流程

    3. 微生物基因组文献案例

    第二、三天 

    微生物基因组组装

    1. 基因组组装原理

    2. 细菌基因组组装
      使用 SPAdes 组装二代数据,canu 组装三代数据

    3. 真菌基因组组装
      canu 组装三代数据

    4. 组装结果与基因组完整性
      使用BUSCO和QUAST从不同角度分析基因组完整性

    第四、五天 

    微生物基因组注释

    1. 细菌基因组注释
      使用 prodigal 和 prokka

    2. 真菌基因组注释
      使用 Augustus 进行有模型的注释,使用 maker,snap 进行无转录本无 HMM 模型参考的注释

    3. 非编码基因注释
      使用 cmscan,tRNAscan-SE 注释非编码 RNA 和 tRNA 假基因

    4. 蛋白质功能注释
      结合 blastp, diamond,eggnog(COG,KEGG,Pfam...)工具,nr,CAZy,merpos,P450,PHI,CARD等数据库和TMHMM,SignalP,TargetP 对蛋白质功能和结构性质进行注释

    第六天

    比较基因组分析

    1. 系统发育树的构建方法

    2. 使用 muscle 进行多序列比对,FastTree 构建系统发育树

    3. 直系同源基因与蛋白树

    4. 使用 Proteinortho 查找多个基因组中的直系同源蛋白,构建进化树

    5. 基因组的共线性

    6. 使用 jcvi 分析基因组内共线性和作图

    第七天

    下游功能分析

    1. 功能基因发掘
      结合HMMER,Blastp,ActiveSite,Prosite,InterPro方法在基因组中挖掘纤维素酶

    2. 次级代谢产物
      使用AntiSMASH和MIBiG在大规模基因组数据中分析次级代谢产物合成

    3. 耐药分子机制
      Biopython多个单序列比对,基于结构的耐药分析

    4. Python脚本实现特定基因组片段获取
      20分钟针对生物学研究人员的Python编程入门

  • 讲师介绍

    资深生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    主讲老师 孙老师

    参与完成过多个细菌,真菌基因组项目,擅长微生物基因组的组装、注释和下游功能的分析。
    专注于利用生物信息学解析微生物基因组中新基因的功能,从分子的结构层面进行进一步基因功能注释。
    研究工作发表于Frontiers in Microbiology,International journal of biological macromolecules,Algal Research 等 SCI 期刊。

  • 立即报名!

    全面、系统的学习生物信息

    本期课程

    仅学习本期课程

    ¥2400.00

    本期

    本期课程直播+视频回放

    腾讯会议终生答疑

    赠送:分析流程、教材

    服务器账号供练习

     

    超级会员

    可学习基因课线上线下全部课程

    ¥10900.00

    每年

    基因课线上线下课程全部开放

    腾讯会议终生答疑

    包含:

    《基因组与比较基因组专题课程》

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq 数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》等

    赠送:

    全套分析流程、教材

    服务器账号供练习

  • 常见问题

    1. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    2. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:学员可以进入腾讯会议语音互动,分享屏幕
    • 终生答疑:直播结束后,每周一到周四,腾讯会议的答疑继续

    3. 我是零基础,能学会吗?

    零基础学员需要提前预习赠送的《测序原理》、《生物信息入门之 Linux(2020版)》等课程。

    相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,配合答疑,完全可以掌握。

    4. 电脑配置有什么要求?

    平时使用比较流畅就可以,没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对共转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    6. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费等,其他请联系客服
    • 合同:可提供合同、清单等