• 课程安排

    讲解基于二代测序的BSA性状定位全套分析流程,包括mutmap、QTL-seq及BSR分析。课程包含理论及实操,详细讲解BSA数据的分析步骤及常见图表绘制。通过该课程的学习,可以独立完成BSA性状定位分析。数据分析基于linux系统,零基础学员需提前预习赠送的基础课程。

    Fig1:课前预习

    课前预习

    赠送课程

    1. Linux 基础
    2. R 语言基础
    3. 测序原理

    第一天

    背景知识概要

    1. BSA分析基本原理
    2. BSA分析现有分析方法总结
    3. BSA分析与其他qtl定位方法比较
    4. BSA分析常见项目设计思路
    5. 经典文献解读

    第二天

    软件安装和数据准备

    1. 软件安装和 Singularity 容器的使用
    2. 参考基因组下载与整理
    3. 基因功能注释
    4. 测序数据质控和过滤

    第三~四天

    SNP/InDel变异检测原理及实操

    1. SNP/InDel变异检测及注释原理
    2. sam/bam及vcf/gvcf文件格式介绍
    3. 使用bwa 进行比对并排序和去重复
    4. 使用GATK/bcftools进行SNP和InDel鉴定
    5. SNP/InDel 注释

    第五天

    mutmap数据分析

    1. mutmap方法讲解
    2. mutmap+及mutmap-gap方法介绍
    3. 亲本+子代混池变异检测
    4. SNP-index计算及绘图
    5. 目标性状区域定位及基因筛选和注释

    第六天

    QTL-seq数据分析

    1. QTL-seq方法讲解
    2. SNP-index、ED值等计算
    3. 基于亲本+2子代混池进行QTL-seq分析
    4. 仅基于2子代混池进行QTL-seq分析
    5. 目标性状区域定位及基因筛选和注释

    第七天

    BSR数据分析及课程总结

    1. RNA-seq数据BSA分析(BSR)方法讲解
    2. BSR分析适用情况
    3. BSR数据分析实操
    4. 课程总结

    售后服务

    答疑

    1. 直播期间:微信群随时答疑
    2. 直播期间:课前半小时,腾讯会议答疑
    3. 课程结束后:每周一到周四,腾讯会议答疑
  • 课程安排部分引用的图片来自以下文献

    [1] Yu S , Young L , H Yaegashi, et al. High performance pipeline for MutMap and QTL-seq. PeerJ, 2022,10:e13170.

    [2] Abe A , Kosugi S , Yoshida K , et al. Genome sequencing reveals agronomically important loci in rice using MutMap. Nature Biotechnology, 2012, 30(2):174-178.

    [3] Takagi H , Abe A , Yoshida K , et al. QTL‐seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations. The Plant Journal, 2013, 74(1).

    [4] Zhu H , Zhang M , Sun S , et al. A Single Nucleotide Deletion in an ABC Transporter Gene Leads to a Dwarf Phenotype in Watermelon. Frontiers in Plant Science, 2019, 10.

    [5] A single nucleotide polymorphism in an R2R3 MYB transcription factor gene triggers the male sterility in soybean ms6 (Ames1). Theoretical and Applied Genetics, 2021:1-14.

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成20余门视频课程的开发,累计学员 20000 余人。

    主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 立即报名!

    全面、系统的学习生物信息

    本期课程

    仅学习本期课程

    ¥2400.00

    本期

    本期课程直播+视频回放

    腾讯会议答疑

    赠送:分析流程、教材

    服务器账号供练习

     

    超级会员

    可学习基因课线上线下全部课程

    ¥10900.00

    每年

    基因课课程全部开放

    会员专享免预约腾讯会议答疑

    包含:

    《基因组与比较基因组专题课程》

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《细菌真菌基因组专题培训班》

    《长非编码RNA与表达调控专题》

    《 蛋白质组学专题培训》

    《代谢组与脂质组学》

    甲基化测序数据分析

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》等

    赠送:

    全套分析流程、教材

    服务器账号供练习

  • 常见问题

    1. 如何咨询?

    • 客服:15337132798(微信同号)
    • 张老师:18617043002(微信同号)

    2. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 课程有效期内可以无限次回放。

    3. 我是零基础,能学会吗?

    1. 学习本次课程必须先掌握测序原理、Linux的简单操作,可以先学习赠送的《15天入门生物信息》课程,一般3到5天可以掌握这些基础;

    2. 相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,配合答疑,完全可以掌握。

    4. 没时间参加直播怎么办?

    1. 当天直播结束后10分钟左右,回放会自动生成。

    2. 课程期间每天课前或课后都会安排腾讯会议答疑;课程结束后,每周一到周四都会安排腾讯会议答疑。

    3. 视频回放结合持续的答疑,可以实现和看直播相当的效果。

    5. 电脑配置有什么要求?

    平时使用比较流畅就可以,没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    6. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对公转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    开户行行号:313521000982

    转账备注“单位-姓名”。

    7. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费等,其他请联系客服
    • 合同:可提供合同、清单等