• 课程安排

    详细讲解宏基因组测序数据分析思路及全套分析流程。

    分析内容包括物种组成及多样性,宏基因组组装、基因预测及功能注释、差异基因分析等。

    数据分析基于linux系统,零基础学员需提前预习赠送的基础课程。

    课前预习

    赠送课程

    1. Linux 基础

    2. R 语言基础

    3. 测序原理

    第一天

    宏基因组分析简介

    1. 宏基因组定义

    2. 宏基因组分析流程

    3. 宏基因组与扩增子测序比较

    4. 二代宏基因组与三代宏基因组比较

    5. 宏基因组文献解读

    第二天

    软件安装与流程部署

    1. 宏基因组分析相关软件介绍

    2. singularity容器技术介绍

    3. 使用singularity一键部署宏基因组分析流程

    第三、四天

    物种组成及多样性分析

    1. 使用Kraken2和Bracken进行物种注释及丰度计算

    2. alpha多样性分析

    3. PCA、PCoA及NMDS分析

    4. permanova计算组间差异显著性

    5. 使用lefse及edgeR/DESeq2进行差异物种鉴定

    第五天

    宏基因组数据组装

    1. 宏基因组数据组装原理

    2. 宏基因组测序数据质控过滤

    3. 使用MEGAHIT和metaSPAdes进行宏基因组组装

    4. 拼接结果统计

    第六天

    基因预测及定量

    1. 使用Prokka进行基因预测

    2. 使用cd-hit进行聚类去除冗余

    3. 基因丰度估计及标准化

    4. 基因丰度统计绘图

    第七天

    基因功能注释及差异基因分析

    1. 功能注释原理

    2. 使用eggnog进功能注释

    3. CAZy 碳水化合物酶注释

    4. CARD 抗生素耐药基因注释

    5. 使用edgeR/DESeq2进行差异基因分析

    6. 差异基因富集分析

    第八天

    分箱

    1. 分箱原理介绍

    2. 使用MetaBAT2进行分箱

    3. 使用checkM对bin质量进行评估

    4. 对分箱结果进行物种分类鉴定

    售后服务

    答疑

    1. 直播期间:微信群随时答疑
    2. 直播期间:课前半小时,腾讯会议答疑

    3. 课程结束后:每周一到周四,腾讯会议答疑

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 立即报名!

    全面、系统的学习生物信息

    本期课程

    仅学习本期课程

    ¥3300.00

    本期

    本期课程直播+视频回放

    腾讯会议答疑

    赠送:分析流程、教材

    服务器账号供练习

     

    超级会员

    可学习基因课线上线下全部课程

    ¥10900.00

    每年

    基因课课程全部开放

    会员专享免预约腾讯会议答疑

    包含:

    《基因组与比较基因组专题课程》

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq 数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《细菌真菌基因组专题培训班》

    《长非编码RNA与表达调控专题培训》

    《 蛋白质组学专题培训》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》等

    赠送:

    全套分析流程、教材

    服务器账号供练习

  • 常见问题

    1. 如何咨询?

    • 客服:15337132798(微信同号)
    • 张老师:18617043002(微信同号)

    2. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    3. 我是零基础,能学会吗?

    零基础学员需要提前预习赠送的《测序原理》、《生物信息入门之 Linux(2020版)》等课程。

    相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,配合答疑,完全可以掌握。

    4. 电脑配置有什么要求?

    平时使用比较流畅就可以,没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对公转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    开户行行号:313521000982

    转账备注“单位-姓名”。

    6. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费等,其他请联系客服
    • 合同:可提供合同、清单等