叶绿体、线粒体
基因组组装、注释和比较分析培训班
2021年 8月2日 - 6日 | 每晚 21:00 - 22:30 | 线上直播
课程安排
通过本次课程可以学会设计细胞器基因组比较分析的实验,
细胞器基因组的组装,注释,校正,比较分析,
用最低的时间和经费成本发表2-4区的 sci。
讲师介绍
资深生物信息工程师授课
基因课介绍
成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。
主讲老师 倪老师
基因课高级讲师 生物信息学工程师
参与多本细胞器基因组著作的编写,以第一作者的身份在 springer 出版社上出版著作
累计组装超过400个叶绿体基因组,与多个知名生物公司合作,承担细胞器基因组的组装工作
主讲老师 李老师
基因课高级讲师 生物信息学工程师
成功破译多个物种线粒体的基因组结构,有丰富的线粒体基因组结构解析,组装和注释经验
拥有丰富的细胞器基因组发表经验,细胞器基因组比较分析成果发表在 BMC plant Biology,planta 等知名植物学期刊上
常见问题
1. 做一个叶绿体、线粒体基因组能发什么文章?
叶绿体:单个叶绿体基因组主要是发表在Mitochondrial DNA Part B-resources(中科院四区)和Plos one(中科院三区)上,也有小部分发表在其他期刊上,大约是1分左右的水平,想发表在Plos one上需要看运气。如果生物学问题比较好,有机会发表在Molecules(中科院三区)和Frontiers in Genetics(中科院三区)上。但是现在单个叶绿体基因组很少发表中科院三区以上的期刊了,除非是有极其特殊的结构变异或者亚结构,特殊的结构变异有发表在Plant Journal(中科院一区)上的案例,或者是特殊的进化意义,有发表在Crop Journal上的案例(中科院一区)。一般而言,现在都是选择同一个属,测其中几个物种的叶绿体基因组。在进化、鉴定、生物学问题上有独到见解的有机会发表在中科院二区的Planta, BMC Plant Biology, BMC Genomics,Frontiers in Plant Science。这几个期刊在植物学领域都有一定的影响力,通过本次课程可以了解到发表在这些期刊上需要的分析,结合自己选择的物种特点,进一步优化实验方案,初步达到发表要求。总而言之,同属叶绿体基因组比较分析是现在的热点,通过基因组比较分析有机会到中科院二区的sci杂志上,如果有合适的分子标记,还可以申请专利,一举多得。
线粒体:动物线粒体比较保守,和植物的叶绿体很类似,不再额外推荐期刊。植物的线粒体由于结构复杂,重排较多,单个线粒体就可以发表在中科院二区和三区的期刊上。同样的,想发表在二区的话一般要有特别的结构或者生物学意义。由于三代测序成本下降,线粒体发表明显变热,多环结构也逐渐被人们熟悉接受。最近发表的生菜线粒体基因组配合电镜解析结构,发表在了Plos Genetics(中科院一区)上。去年植物线粒体出现了井喷式的提交,目前经验来看,大多数植物学期刊虽然没有发表植物线粒体基因组的前例,但是都乐意接受单个线粒体基因组的比较分析。目前 International Journal of Molecular Sciences(影响因子5.9分)正在征稿线粒体基因组(包括动物),有兴趣的老师同学可以考虑投稿。
2. 做一个叶绿体、线粒体基因组需要多少经费、多长时间?
如果自己有服务器可以完成细胞器基因组的装配工作,那么我们的成本主要是来自于基因组测序。对于高拷贝且结构保守的叶绿体基因组,通常只需要5 G左右的二代测序数据量即可满足装配要求。目前,单个物种进行二代illumina测序5 G数据量,收费在400~500元左右,一般现在都是做一个属的多个叶绿体,测序成本只需要几千块。对于同样高拷贝但结构不保守的高等植物线粒体基因组,目前的二代测序不能满足装配要求,需要进行三代测序。考虑到Pacbio 平台对单次测序数据量有要求,我们推荐Nanopore 的 ONT 平台进行测序。目前,大部分核基因组较小的(400 MB左右)二倍体高等植物,5 G 的Oxford Nanopore 测序数据量可以满足最低的线粒体基因组装配要求。加上用于纠错的二代数据(通常也是5 G),单个物种收费在5000元左右。需要注意的是,某些物种基因组比较大,那么5G数据不一定够,例如重楼全基因组78G,需要根据实际情况调整。目前市面上从事基因组测序服务的公司有很多,不同的公司收费存在差异,可以广泛咨询后选择性价比高的测序公司。如果有老师已经发表或者测序了全基因组,那么线粒体基因组可以尝试组装,会有意想不到的收获。
3. 我是零基础,能学会吗?
完全没问题,细胞器基因组分析非常简单,绝大部分分析通过 Windows 下或者在线软件就可以完成。
很少一部分涉及到简单的 Linux 命令,我们赠送《测序原理》、《linux 操作》等基础课程,零基础学员可以提前预习。
4. 在哪里学习?
PC 端:genek.cn 点视频课;
微信端:"基因课" 公众号点视频课;
可以无限次回放。
5. 如何互动答疑?
6. 电脑配置有什么要求?
没有特别高的要求,平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。
7. 如何报名?
推荐直接线上购买,如需对共转账,请联系我们。
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银行对公转账
户名:武汉简并科技有限公司
开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
账 号:005041000451905
转账备注“单位-姓名”。
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