叶绿体：单个叶绿体基因组主要是发表在Mitochondrial DNA Part B-resources（中科院四区）和Plos one（中科院三区）上，也有小部分发表在其他期刊上，大约是1分左右的水平，想发表在Plos one上需要看运气。如果生物学问题比较好，有机会发表在Molecules（中科院三区）和Frontiers in Genetics（中科院三区）上。但是现在单个叶绿体基因组很少发表中科院三区以上的期刊了，除非是有极其特殊的结构变异或者亚结构，特殊的结构变异有发表在Plant Journal（中科院一区）上的案例，或者是特殊的进化意义，有发表在Crop Journal上的案例（中科院一区）。一般而言，现在都是选择同一个属，测其中几个物种的叶绿体基因组。在进化、鉴定、生物学问题上有独到见解的有机会发表在中科院二区的Planta, BMC Plant Biology, BMC Genomics，Frontiers in Plant Science。这几个期刊在植物学领域都有一定的影响力，通过本次课程可以了解到发表在这些期刊上需要的分析，结合自己选择的物种特点，进一步优化实验方案，初步达到发表要求。总而言之，同属叶绿体基因组比较分析是现在的热点，通过基因组比较分析有机会到中科院二区的sci杂志上，如果有合适的分子标记，还可以申请专利，一举多得。

线粒体：动物线粒体比较保守，和植物的叶绿体很类似，不再额外推荐期刊。植物的线粒体由于结构复杂，重排较多，单个线粒体就可以发表在中科院二区和三区的期刊上。同样的，想发表在二区的话一般要有特别的结构或者生物学意义。由于三代测序成本下降，线粒体发表明显变热，多环结构也逐渐被人们熟悉接受。最近发表的生菜线粒体基因组配合电镜解析结构，发表在了Plos Genetics（中科院一区）上。去年植物线粒体出现了井喷式的提交，目前经验来看，大多数植物学期刊虽然没有发表植物线粒体基因组的前例，但是都乐意接受单个线粒体基因组的比较分析。目前 International Journal of Molecular Sciences（影响因子5.9分）正在征稿线粒体基因组（包括动物），有兴趣的老师同学可以考虑投稿。

如果自己有服务器可以完成细胞器基因组的装配工作，那么我们的成本主要是来自于基因组测序。对于高拷贝且结构保守的叶绿体基因组，通常只需要5 G左右的二代测序数据量即可满足装配要求。目前，单个物种进行二代illumina测序5 G数据量，收费在400~500元左右，一般现在都是做一个属的多个叶绿体，测序成本只需要几千块。对于同样高拷贝但结构不保守的高等植物线粒体基因组，目前的二代测序不能满足装配要求，需要进行三代测序。考虑到Pacbio 平台对单次测序数据量有要求，我们推荐Nanopore 的 ONT 平台进行测序。目前，大部分核基因组较小的（400 MB左右）二倍体高等植物，5 G 的Oxford Nanopore 测序数据量可以满足最低的线粒体基因组装配要求。加上用于纠错的二代数据（通常也是5 G），单个物种收费在5000元左右。需要注意的是，某些物种基因组比较大，那么5G数据不一定够，例如重楼全基因组78G，需要根据实际情况调整。目前市面上从事基因组测序服务的公司有很多，不同的公司收费存在差异，可以广泛咨询后选择性价比高的测序公司。如果有老师已经发表或者测序了全基因组，那么线粒体基因组可以尝试组装，会有意想不到的收获。

完全没问题，细胞器基因组分析非常简单，绝大部分分析通过 Windows 下或者在线软件就可以完成。

很少一部分涉及到简单的 Linux 命令，我们赠送《测序原理》、《linux 操作》等基础课程，零基础学员可以提前预习。

• PC 端：genek.cn 点视频课；

• 微信端："基因课" 公众号点视频课；

• 可以无限次回放。

• 直播期间：学员可以通过文字提问
• 直播结束后：学员可以进入腾讯会议语音互动，分享屏幕
• 终生答疑：直播结束后，每周一到周四，腾讯会议的答疑继续

没有特别高的要求，平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器，大多数据分析都是在服务器完成，个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

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