• 课程安排

     

    通过本次课程可以学会设计细胞器基因组比较分析的实验,

    细胞器基因组的组装,注释,校正,比较分析,

    用最低的时间和经费成本发表2-4区的 sci。

    课前预习

    预习基因课赠送视频

    1. illumina 、PacBio 、Nanopore 测序原理

    2. Linux 基础

    叶绿体基因组Circos图

    第一天 理论

    细胞器(叶绿体和线粒体)基因组简介

    1. 细胞器基因组的特点

    2. 细胞器基因组研究进展

    3. 细胞器基因组比较分析的试验设计思路与文献解读

    4. 成本预算与发表期刊推荐

    第二天 叶绿体

    叶绿体基因组的组装注释和特征分析

    一、叶绿体基因组组装

    1. 组装软件比较

    2. 叶绿体基因组组装详细演示(GetOrganelle,NOVOPlast)

    3. 叶绿体基因组组装质量评估(起点,方向,覆盖深度)

    二、叶绿体基因组注释

    1. 注释软件与网站介绍 (CPGAVAS2, GeSeq)

    2. 注释方法详细演示

    3. 常见的注释错误成因分析

    4. 基因组圈图绘制 (CPGAVAS2, OGdraw, Chloroplot)

    5. 数据的提交 (注释信息与原始数据)

    三、叶绿体基因组特征分析

    1. 叶绿体基因组分区与GC含量计算

    2. 功能基因分类

    3. 内含子基因统计分析

    4. 密码子偏好性分析

    5. 重复序列分析

    第三天 线粒体

    线粒体基因组组装、注释和特征分析

    一、线粒体基因组组装

    1.  线粒体基因组组装软件介绍

    2. 线粒体特殊构象介绍

    3. 线粒体基因组组装详细演示

    4. 线粒体基因组组装质量评估

    二、线粒体基因组注释

    1. 注释软件与网站介绍

    2. 注释方法详细演示

    3. 常见的注释错误成因分析与校正

    4. 特殊起始密码子与RNA编辑事件预测

    5. 基因组圈图绘制

    三、线粒体基因组特征分析

    1. 线粒体基因组分区与GC含量计算

    2. 功能基因分类

    3. 内含子基因统计分析

    4. 密码子偏好性分析

    5. 重复序列分析与circos圈图绘制

    第四天 比较分析

    细胞器比较分析(上)

    一、系统发育分析 (叶绿体&线粒体)

    1. 系统发育分析软件介绍

    2. 批量下载同属物种细胞器基因组

    3. 进化树绘制演示

    4. 拓扑结构可视化与美化

    二、结构变异与序列多态性分析(叶绿体)

    1. mVISTA绘制结构变异图

    2. 核苷酸多态性

    三、基因统计热图与叶绿体边界的收缩和扩张分析(叶绿体)

    1. 同属基因统计与热图绘制

    2. 边界分析软件IRscope的使用与解读

    第五天 比较分析

    细胞器比较分析(下)

    一、同源性分析(叶绿体&线粒体)

    1. blast分析

    2. circos圈图可视化

    二、选择压力分析(叶绿体&线粒体)

    1. 同义替换率计算

    2. 结果可视化与聚类分析

    三、分子标记开发(叶绿体)

    1. 多重序列比对

    2. 分子标记开发与验证思路

    3. 实验设计

  • 讲师介绍

    资深生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    主讲老师 倪老师

    基因课高级讲师 生物信息学工程师

    参与多本细胞器基因组著作的编写,以第一作者的身份在 springer 出版社上出版著作

    累计组装超过400个叶绿体基因组,与多个知名生物公司合作,承担细胞器基因组的组装工作

    主讲老师 李老师

    基因课高级讲师 生物信息学工程师

    成功破译多个物种线粒体的基因组结构,有丰富的线粒体基因组结构解析,组装和注释经验

    拥有丰富的细胞器基因组发表经验,细胞器基因组比较分析成果发表在 BMC plant Biology,planta 等知名植物学期刊上

  • 立即报名!

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    叶绿体、线粒体分析流程、教材

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    包含:

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq 数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》

    《物种基因组数据库搭建》

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  • 常见问题

    1. 做一个叶绿体、线粒体基因组能发什么文章?

    叶绿体:单个叶绿体基因组主要是发表在Mitochondrial DNA Part B-resources(中科院四区)和Plos one(中科院三区)上,也有小部分发表在其他期刊上,大约是1分左右的水平,想发表在Plos one上需要看运气。如果生物学问题比较好,有机会发表在Molecules(中科院三区)和Frontiers in Genetics(中科院三区)上。但是现在单个叶绿体基因组很少发表中科院三区以上的期刊了,除非是有极其特殊的结构变异或者亚结构,特殊的结构变异有发表在Plant Journal(中科院一区)上的案例,或者是特殊的进化意义,有发表在Crop Journal上的案例(中科院一区)。一般而言,现在都是选择同一个属,测其中几个物种的叶绿体基因组。在进化、鉴定、生物学问题上有独到见解的有机会发表在中科院二区的Planta, BMC Plant Biology, BMC Genomics,Frontiers in Plant Science。这几个期刊在植物学领域都有一定的影响力,通过本次课程可以了解到发表在这些期刊上需要的分析,结合自己选择的物种特点,进一步优化实验方案,初步达到发表要求。总而言之,同属叶绿体基因组比较分析是现在的热点,通过基因组比较分析有机会到中科院二区的sci杂志上,如果有合适的分子标记,还可以申请专利,一举多得。

     

    线粒体:动物线粒体比较保守,和植物的叶绿体很类似,不再额外推荐期刊。植物的线粒体由于结构复杂,重排较多,单个线粒体就可以发表在中科院二区和三区的期刊上。同样的,想发表在二区的话一般要有特别的结构或者生物学意义。由于三代测序成本下降,线粒体发表明显变热,多环结构也逐渐被人们熟悉接受。最近发表的生菜线粒体基因组配合电镜解析结构,发表在了Plos Genetics(中科院一区)上。去年植物线粒体出现了井喷式的提交,目前经验来看,大多数植物学期刊虽然没有发表植物线粒体基因组的前例,但是都乐意接受单个线粒体基因组的比较分析。目前 International Journal of Molecular Sciences(影响因子5.9分)正在征稿线粒体基因组(包括动物),有兴趣的老师同学可以考虑投稿。

    2. 做一个叶绿体、线粒体基因组需要多少经费、多长时间?

    如果自己有服务器可以完成细胞器基因组的装配工作,那么我们的成本主要是来自于基因组测序。对于高拷贝且结构保守的叶绿体基因组,通常只需要5 G左右的二代测序数据量即可满足装配要求。目前,单个物种进行二代illumina测序5 G数据量,收费在400~500元左右,一般现在都是做一个属的多个叶绿体,测序成本只需要几千块。对于同样高拷贝但结构不保守的高等植物线粒体基因组,目前的二代测序不能满足装配要求,需要进行三代测序。考虑到Pacbio 平台对单次测序数据量有要求,我们推荐Nanopore 的 ONT 平台进行测序。目前,大部分核基因组较小的(400 MB左右)二倍体高等植物,5 G 的Oxford Nanopore 测序数据量可以满足最低的线粒体基因组装配要求。加上用于纠错的二代数据(通常也是5 G),单个物种收费在5000元左右。需要注意的是,某些物种基因组比较大,那么5G数据不一定够,例如重楼全基因组78G,需要根据实际情况调整。目前市面上从事基因组测序服务的公司有很多,不同的公司收费存在差异,可以广泛咨询后选择性价比高的测序公司。如果有老师已经发表或者测序了全基因组,那么线粒体基因组可以尝试组装,会有意想不到的收获。

    3. 我是零基础,能学会吗?

    完全没问题,细胞器基因组分析非常简单,绝大部分分析通过 Windows 下或者在线软件就可以完成。

    很少一部分涉及到简单的 Linux 命令,我们赠送《测序原理》、《linux 操作》等基础课程,零基础学员可以提前预习。

    4. 在哪里学习?

    • PC 端:genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    5. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:学员可以进入腾讯会议语音互动,分享屏幕
    • 终生答疑:直播结束后,每周一到周四,腾讯会议的答疑继续

    6. 电脑配置有什么要求?

    没有特别高的要求,平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    7. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对共转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    8. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
    • 合同:可提供合同、发票清单等