• 课程安排

    本次课程主要讲解群体重测序及GWAS相关内容

    通过十几天的学习可自行完成群体重测序的基本分析,掌握群体遗传学分析、关联分析等

    本课程推荐动植物研究者参加;不适合医学从业者参加;合适零基础学员。

     

    课前预习

    预习基因课赠送视频

    1. illumina 、PacBio 、Nanopore 测序原理

    2. Linux 基础

    叶绿体基因组Circos图

    第一天

    变异检测原理

    1. 变异检测原理及方法

    2. sam/bam文件介绍

    3. vcf/gvcf, ped/bed文件介绍

    第二天 

    基于二代数据进行SNP、InDel检测

    1. 使用bwa 进行比对

    2. 比对结果排序和去重复

    3. 比对结果统计

    4. 使用GATK进行SNP和InDel鉴定

    5. 使用bcftools进行SNP和InDel鉴定

    第三天 

    基于二代数据进行SV、CNV检测

    1. 使用lumpy进行SV检测

    2. 使用cnvnator进行CNV检测

    第四天

    基于其他数据进行变异检测

    1. 基于RNA-seq数据进行变异检测

    2. 基于三代测序数据进行变异检测

    3. 基于基因组序列进行变异检测

    第五天

    SNP、InDel、SV注释

    1. 使用annovar对变异检测结果进行注释

    2. 使用snpeff对变异检测结果进行注释

    第六天

    群体结构分析原理

    1. 进化树构建原理

    2. 主成分分析

    3. STRUCTURE分析

    4. 连锁不平衡分析

    第七天

    进化树构建和structure分析

    1. 使用ML和NJ法构建进化树

    2. 进化树作图展示

    3. 使用admixture进行structure分析

    4. Structure绘图展示

    第八天

    PCA分析和LD衰减分析

    1. 使用plink进行PCA分析

    2. PCA分析结果绘图展示

    3. 使用PopLDdecay进行LD衰减分析

    4. LD衰减分析绘图展示

    5. LDblock热图绘制

    第九天

    群体选择分析原理

    1. 自然选择的分类

    2. 正选择的检测方法

    3. π、TajimaD、Fst及ROD等

    第十天

    群体选择分析实操

    1. π、TajimaD、Fst及ROD的计算

    2. π、TajimaD、Fst及ROD结果展示

    3. 提取候选基因

    第十一天

    其他群体进化分析

    1. 种群历史有效群体大小推断原理

    2. 使用PSMC进行种群历史推断

    3. 使用treemix进行基因交流分析

    第十二天

    GWAS分析原理

    1. GWAS分析原理讲解

    2. 曼哈顿图介绍

    3. QQ-plot图介绍

    第十三天

    基于SNP进行GWAS分析

    1. 亲缘关系矩阵计算

    2. 使用emmax进行GWAS分析

    3. 使用tassel进行GWAS分析

    4. 曼哈顿图及QQplot图绘制

    第十四天

    基于其他数据进行GWAS分析

    1. 基于InDel进行GWAS分析

    2. 基于结构变异进行GWAS分析

    3. GWAS结果绘图

    第十五天

    重测序软件安装与流程部署

    1 重测序相关软件手动安装

    2. Singularity 容器技术介绍

    3. 使用 Singularity 一键部署重测序分析流程

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 立即报名!

    全面、系统的学习生物信息

    本期课程

    仅学习本期课程

    ¥4300.00

    本期

    本期课程直播+视频回放

    腾讯会议终生答疑

    赠送:
    群体重测序分析流程、教材

    服务器账号供练习

     

    超级会员

    可学习基因课线上线下全部课程

    ¥10900.00

    每年

    基因课线上线下课程全部开放

    腾讯会议终生答疑

    包含:

    《基因组与比较基因组专题课程》

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq 数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》等

    赠送:

    全套分析流程、教材

    服务器账号供练习

  • 常见问题

    1. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    2. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:学员可以进入腾讯会议语音互动,分享屏幕
    • 终生答疑:直播结束后,每周一到周四,腾讯会议的答疑继续

    3. 我是零基础,能学会吗?

    零基础学员需要提前预习赠送的《测序原理》、《生物信息入门之 Linux(2020版)》等课程。

    相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,配合答疑,完全可以掌握。

    4. 电脑配置有什么要求?

    平时使用比较流畅就可以,没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对共转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    6. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费等,其他请联系客服
    • 合同:可提供合同、清单等