• 课程安排

       目前常见的参考基因组仅为单一个体的基因组，远不能涵盖整个物种的所有遗传序列，需要构建来自多个个体的泛基因组。

       本次课程详细介绍基于de novo assembly策略和基于迭代组装（二代）策略的泛基因组分析，包括泛基因组序列构建、gene PAV分析、核心基因和可变基因鉴定和比较、序列PAV分析以及图形泛基因组构建等。课程包含理论和全套流程代码的演示。

    Fig1：课前预习

    课前预习

    基础知识

    1. Linux 基础、Singularity容器的使用

    2. R 语言基础

    3. 测序原理

    4. 基因组组装、注释基础

    第一天

    背景知识概要

    1. 泛基因组概念

    2. 泛基因组发展史

    3. 泛基因组常用构建方法

    4. 经典文献解读

    第二天

    基因组数据准备

    1. 基因组和基因注释数据下载

    2. 基因组数据预处理

    3. 基因注释文件（gff/gtf）预处理

    4. 提取最长转录本

    5. 基因组长度、N50、gene条数等信息统计

    第三天

    核心和可变基因家族分析|de novo assembly策略

    1. 使用orthofinder鉴定基因家族

    2. 核心和可变基因家族统计

    3. 核心和可变基因家族饱和曲线和柱状图绘制

    4. 核心和可变基因基因长度、exon个数等比较

    5. 核心和可变基因功能富集分析

    第四天

    sequence-PAV检测|de novo assembly策略

    1. 使用mummer进行基因组比对

    2. 基于比对结果提取PAV序列

    3. 鉴定PAV相关基因

    第五天

    变异检测|de novo assembly策略

    1. 基于基因组比对的SNP/InDel鉴定

    2. 基于基因组比对的SV检测

    3. 变异检测结果注释

    第六天

    数据准备及测序数据质控|迭代组装策略

    1. 参考基因组数据准备

    2. nt数据库及taxonomy数据库准备

    3. 二代测序数据质控和过滤

    4. 二代测序数据质控过滤统计

    第七~八天

    泛基因组序列构建|迭代组装策略

    1. 基于metagenome-like 策略进行序列构建

    2. 基于迭代组装策略进行序列构建

    3. 基于unmapped reads独立组装进行序列构建

    4. 基于map-to-pan 策略进行序列构建

    5. blast比对nt库去除污染

    （包含reads比对、unmapped reads 提取、组装、contig比对基因组，CD-HIT去冗余、nt库比对等步骤）

    第九天

    泛基因组注释|迭代组装策略

    1. 使用repeatmasker进行重复序列注释

    2. 使用maker进行基因预测

    3. 使用eggnong-mapper进行功能注释

    第十天

    核心和可变基因分析|迭代组装策略

    1. 二代测序数据比对、排序和过滤

    2. 使用SGSGeneLoss进行gene PAV 鉴定

    3. 核心和可变基因统计

    4. 核心和可变基因饱和曲线和柱状图绘制

    5. 核心和可变基因基因长度、exon个数等比较

    6. 核心和可变基因基因功能富集分析

    第十一天

    核心和可变基因家族分析|迭代组装策略

    1. 使用orthofinder鉴定基因家族

    2. 基于gene PAV 判断gene family PAV

    3. 核心和可变基因家族统计

    4. 核心和可变基因家族饱和曲线和柱状图绘制

    第十二天

    图形泛基因组构建及应用

    1. 多样品变异检测结果整合
    2. 使用vg进行图形泛基因组构建
    3. 基于图形泛基因组进行变异检测

    售后服务

    答疑

    1. 直播期间：微信群随时答疑
    2. 直播期间：课后半小时，腾讯会议答疑
    3. 课程结束后：每周一到周四，腾讯会议答疑
  • 课程安排部分引用的图片来自以下文献

    [1] Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans. Cell. 2020;182(1):162-176.e13.

    [2] Cai X, Chang L, Zhang T, et al. Impacts of allopolyploidization and structural variation on intraspecific diversification in Brassica rapa. Genome Biol. 2021;22(1):166.

    [3] Golicz AA, Bayer PE, Barker GC, et al. The pangenome of an agronomically important crop plant Brassica oleracea. Nat Commun. 2016;7:13390.

    [4] Torkamaneh D, Lemay MA, Belzile F. The pan-genome of the cultivated soybean (PanSoy) reveals an extraordinarily conserved gene content. Plant Biotechnol J. 2021;19(9):1852-1862.

    [5] Song JM, Guan Z, Hu J, et al. Eight high-quality genomes reveal pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nat Plants. 2020;6(1):34-45.

    [6] Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes are the new reference. Nat Plants. 2020;6(8):914-920.

    [7]Li W, Liu J, Zhang H, et al. Plant pan-genomics: recent advances, new challenges, and roads ahead. J Genet Genomics. 2022;49(9):833-846.

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月，专注于生物信息学培训。

    基因课网校：已完成30余门视频课程的开发，累计学员 20000 余人。

    主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章：甲藻基因组（Science）、穿心莲基因组（The Plant Journal）、野生大豆基因组（Nature Communications）、菊花基因组（Molecular Plant）、鹰嘴豆基因组计划（Nature Biotechnology）、 芝麻基因组计划（Genome Biology）、猕猴桃群体研究（New Phytologist）。

  • 立即报名！

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    2.《基因组与比较基因组专题》18天大课，￥4800

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    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《细菌真菌基因组专题培训班》

    《长非编码RNA与表达调控专题》

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    《代谢组与脂质组学》

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    《生物信息入门之 Python》等

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  • 常见问题

    1. 如何咨询？

    • 客服：15337132798（微信同号）
    • 张老师：18617043002（微信同号）

    2. 在哪里学习？

    • PC 端：www.genek.cn 点视频课；

    • 微信端："基因课" 公众号-视频课-学习地址-移动端；

    • 课程有效期内可以不限次回放。

    3. 我是零基础，能学会吗？

    1. 本次课程为基因组进阶课程，需要掌握基因组组装及注释分析相关知识，如果没有相关基础建议先学习《基因组与比较基因组》课程；

    2. 相比线下培训，线上培训给了学员充足的时间练习，配合答疑，完全可以掌握。

    4. 没时间参加直播怎么办？

    1. 当天直播结束后10分钟左右，回放会自动生成。

    2. 课程期间每天课前或课后都会安排腾讯会议答疑；课程结束后，每周一到周四都会安排腾讯会议答疑。

    3. 视频回放结合持续的答疑，可以实现和看直播相当的效果。

    5. 电脑配置有什么要求？

    平时使用比较流畅就可以，没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用，大多数据分析都是在服务器完成，个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    6. 如何报名？

    推荐直接线上购买，如需对公转账，请联系我们。

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    银行对公转账
    户名：武汉简并科技有限公司
    开户银行：汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号：005041000451905

    开户行行号：313521000982

    转账备注“单位-姓名”。

    7. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知：可提供培训通知、会议通知
    • 发票：可开培训费、会议费、技术服务费等，其他请联系客服
    • 合同：可提供合同、清单等

  • 学员评价

    好评如潮潮潮潮潮潮潮潮潮

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