慢直播：长非编码RNA与表达调控专题培训

1. Linux 基础

2. R 语言基础

3. 转录组数据分析及全套分析流程

1. lncRNA 介绍

2. lncRNA 测序方案设计

3. lncRNA 研究内容及分析流程

4. lncRNA 文献解读

5. 近些年 lncRNA 相关文章思路汇总

6. 近些年 lncRNA 相关文章图表汇总

7. 近些年 lncRNA 相关文章发表期刊汇总

1. Linux 基础回顾

2. Singularity 容器技术介绍

3. 分析流程、代码讲解

4. 使用 Singularity 一键部署整套分析流程

1. 下载和整理参考基因组、gtf 格式转换

2. 物种蛋白功能注释

3. 物种 OrgDB 构建

4. 测序数据下载（下载太慢怎么办？）

5. 测序数据整理、过滤和质控

6. 样本信息表整理

1. 将测序数据比对到参考基因组

2. 转录本重构

3. 从所有转录本中鉴定 lncRNA

3.1 过滤掉小于 200nt 的转录本

3.2 基于多种方式进行编码能力预测

3.3 基于blast和hmmer 比对进行过滤

3.4 韦恩图绘制

1. 使用 featureCounts 进行表达定量

2. 使用 R 语言计算 FPKM、TPM

3. 整合表达矩阵用于后续分析

4. 差异表达分析

5. 条件特异表达分析

1. R语言基础回顾（赠送R语言基础课程）

2. lncRNA与mRNA的数量统计绘图

3. lncRNA与mRNA的结构特征比较绘图

4. lncRNA与mRNA的表达特征比较绘图

5. 聚类分析和主成分分析及绘图

1. 基于与编码基因的位置关系对 lncRNA 进行分类

2. 各类lncRNA的表达特征统计绘图

3. 各类lncRNA与编码基因的相关性统计绘图

4. lncRNA对编码基因的顺式调控研究

5. lncRNA对编码基因的反式调控研究

1. 差异表达基因的数目统计

2. 火山图、热图绘制

3. 差异表达基因的富集分析

4. 条件特异表达基因的深度挖掘

5. 基于多种方法挖掘关键基因

1. 直播期间：微信群随时答疑
2. 直播期间：课前半小时，腾讯会议答疑

3. 课程结束后：每周一到周四，腾讯会议终生答疑