• 课程安排

    讲解基于二代测序 Bisulfite sequencing 的甲基化分析思路及全套分析流程。

    课程以实操为主,会非常详细的讲解每一步的分析过程,每一张图表的绘制方法。

    学习完该课程后,可以独立完成 WGBS、RRBS数据挖掘、绘图。

    数据分析基于linux系统和R语言,零基础学员需提前预习赠送的基础课程。

    课程中绘图基于 ggplot2,建议学习基因课的《R 语言与生物信息出版级绘图》课程,效果更佳。

    Fig1:课前预习

    课前预习

    赠送课程

    1. Linux 基础

    2. R 语言基础

    3. 测序原理

    第一天

    背景知识概要

    1.DNA甲基化介绍

    2.WGBS、RRBS、SMRT、ONT四种甲基化测序方法比较

    3.Bisulfite sequencing 原理和分析流程

    4. 经典文献解读

    5. 常见项目设计思路、分析内容、常见图表展示形式

    6. 甲基化与转录组关联分析思路及图表展示

    第二天

    分析前的准备

    1. 软件安装和 Singularity 容器的使用

    2. 参考基因组下载与整理

    3. 基因功能注释及 OrgDB 构建

    4. 测序数据过滤和质控

    5. 转座子注释

    6. 转录组数据分析回顾

    第三天

    甲基化基本分析

    1. 使用 Bismark 将测序数据比对到参考基因组

    2. CG、CHG、CHH位点甲基化信息提取

    3. Bismark 分析报告解读

    4. MethyKit 包介绍

    5. 读取甲基化信息到 R 中进行分析

    第四天

    区域甲基化水平计算及样本关系评估

    1. 滑动窗口的甲基化水平计算

    2. 基因 body 、upstream、downstream 甲基化水平计算

    3. 转座子 body、upstream、downstream 甲基化水平计算

    4. 基于甲基化水平的样本相关性分析

    5. 基于甲基化水平的样本聚类分析

    6. 基于甲基化水平的 PCA(主成分分析)及画图

    第五天

    物种甲基化模式分析

    1. CG、CHG、CHH 甲基化比例(饼图)

    2. CG、CHG、CHH 甲基化水平分布(直方图、箱线图、密度图、山峦图等)

    3. 甲基化沿染色体分布,甲基化与基因密度、TE密度的关系(折线图、核型图)

    第六天

    差异甲基化分析

    1. 位点的差异甲基化分析(DMC)

    2. 区域的差异甲基化分析(DMR)

    3. DMR 注释(对基因功能的影响预测)

    4. DMR 关联基因的功能富集

    第七天

    甲基化与转录组关联分析

    1. 基因甲基化与表达的整体关系研究

    2. 基因甲基化与表达的整体关系绘图

    3. 关键基因筛选

    4. 关键基因甲基化与表达相关性绘图

    售后服务

    答疑

    1. 直播期间:微信群随时答疑
    2. 直播期间:课前半小时,腾讯会议答疑

    3. 课程结束后:每周一到周四,腾讯会议答疑

  • 课程安排部分引用的图片来自以下文献

    1. Gouil, Q. & Keniry, A. Latest techniques to study DNA methylation. Essays Biochem 63, 639–648 (2019). (第一天右侧图)
    2. Wang, L. et al. Comparative epigenomics reveals evolution of duplicated genes in potato and tomato. The Plant Journal 93, 460–471 (2018).(第二天右侧图)
    3. Lister, R. et al. Highly Integrated Single-Base Resolution Maps of the Epigenome in Arabidopsis. Cell 133, 523–536 (2008).(第三天右侧图)
    4. Huang, H. et al. Global increase in DNA methylation during orange fruit development and ripening. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 116, 1430–1436 (2019).(第四天、第七天右侧图)
    5.Zhong, S. et al. Single-base resolution methylomes of tomato fruit development reveal epigenome modifications associated with ripening. Nat Biotechnol 31, 154–159 (2013).(第五天右侧图)
    6.Lang, Z. et al. Critical roles of DNA demethylation in the activation of ripening-induced genes and inhibition of ripening-repressed genes in tomato fruit. PNAS 114, E4511–E4519 (2017).(第六天右侧图)

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成 14 门视频课程的开发,累计学员 7000 余人。

    线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办快速入门班 11 期、周末成长班 2 期,累计培训学员 500 余人。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 立即报名!

    全面、系统的学习生物信息

    本期课程

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    本期课程直播+视频回放

    腾讯会议答疑

    赠送:分析流程、教材

    服务器账号供练习

     

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    可学习基因课线上线下全部课程

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    每年

    基因课课程全部开放

    会员专享免预约腾讯会议答疑

    包含:

    《基因组与比较基因组专题课程》

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq 数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《细菌真菌基因组专题培训班》

    《长非编码RNA与表达调控专题培训》

    《 蛋白质组学专题培训》

    《代谢组与脂质组学》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》等

    赠送:

    全套分析流程、教材

    服务器账号供练习

  • 常见问题

    1. 如何咨询?

    • 客服:15337132798(微信同号)
    • 张老师:18617043002(微信同号)

    2. 在哪里学习?

    • PC 端:www.genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 课程有效期内可以无限次回放。

    3. 我是零基础,能学会吗?

    1. 学习本次课程必须先掌握测序原理、Linux和R语言的简单操作,可以先学习赠送的《15天入门生物信息》课程,一般3到5天可以掌握这些基础;

    2. 本次课程绘图部分用到 ggplot2,没有 ggplot2 基础也可以学习,但是如果会 ggplot2就可以更灵活的调整图形,建议学习《R 语言与生物信息出版级绘图》课程;

    3. 相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,配合答疑,完全可以掌握。

    4. 没时间参加直播怎么办?

    1. 当天直播结束后10分钟左右,回放会自动生成。

    2. 课程期间每天课前或课后都会安排腾讯会议答疑;课程结束后,每周一到周四都会安排腾讯会议答疑。

    3. 视频回放结合持续的答疑,可以实现和看直播差不多的效果。

    5. 电脑配置有什么要求?

    平时使用比较流畅就可以,没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    6. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对公转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    开户行行号:313521000982

    转账备注“单位-姓名”。

    7. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费等,其他请联系客服
    • 合同:可提供合同、清单等