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    本期

    《基因组与比较基因组直播课》

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    基因组分析流程、教材

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    每年

    基因课线上线下课程全部开放

    腾讯会议终生答疑

    包含:

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq 数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》

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  • 课程安排

    19 天慢直播 视频可回放

    课后腾讯会议终生答疑

    送全套基因组分析流程 可一键部署到自己服务器
    送1年高性能服务器 供练习使用

    课前预习

    预习基因课赠送视频

    1. illumina 、PacBio 、Nanopore 测序原理

    2. Linux 基础

    第一天

    动植物基因组十年回顾

    1. 已发表动植物基因组文章整理

    2. 基因组分析内容、图表全面梳理

    3. 基因组分析软件、方法全面梳理

    第二天

    基因组软件安装与流程部署

    1. Linux 基础回顾

    2. Singularity 容器技术介绍

    3. 使用 Singularity 一键部署基因组分析流程

    第三天

    基因组 Survey

    1. 基因组 Survey 原理

    2. 使用 jellyfish 进行 Kmer 分析及曲线绘制

    3. 使用 gce 及 genomescope2 进行基因组大小、
    杂合度和重复序列含量估计

    4. 基因组测序及拼接策略制定

    第四、五、六天

    基因组拼接

    1. 二代和三代数据拼接原理

    2. 二代拼接实操:使用soapdenovo2、spades进行基因组拼接

    3. 三代拼接实操:使用ONT、PacBio CLR和HiFi数据进行基因组拼接

    4. 二、三代测序数据混合拼接

    5. 使用 racon基于三代测序数据对拼接结果进行校正

    6. 使用 pilon 基于二代测序数据对拼接结果进行校正

    7. 组装结果评价

    8. 基于HiC数据进行染色体挂载

    第七天

    重复序列注释

    1. 重复序列分类

    2. 重复序列的 de novo 注释

    3. 重复序列注释与结果统计

    第八天

    基因结构注释

    1. 基因结构注释方法原理

    2. 基因结构注释实操:Augustus 参数模型训练

    3. 基因结构注释实操:使用 Maker 进行基因结构注释

    4. 细节处理:ID 转换、格式标准化等

    第九天

    基因功能注释与评价

    1. Blast 与基于序列相似性的功能注释

    2. Hmmer 与基于保守结构的功能注释

    3. Gene Ontoloty 功能分类数据库介绍

    4. KEGG Pathway 数据库介绍

    5. 功能注释实操及分析结果统计

    6. BUSCO 评价

    第十天

    基因家族鉴定

    1. 同源基因与基因家族概念介绍

    2. 物种的选择及蛋白序列下载

    3. 提取最长转录本代表该基因序列

    4. 使用 Orthofinder 进行基因家族鉴定

    5. 维恩图绘制

    6. 单拷贝基因家族提取

    第十一、十二天

    进化树构建与物种分化时间估计

    1. 进化树构建及分化时间估计原理

    2. 基因树构建实操:使用raxml进行进化树构建

    3. 物种树构建实操:使用连接法基于surpergene构建物种树
    4. 使用ASTRAL‑II基于基因树构建物种数

    5. 使用mcmctree进行分化时间估计

    第十三天

    基因家族收缩与扩张

    1.基因家族收缩扩张原理及解读

    2.实操:使用CAFE软进行基因家族收缩扩张分析

    3.提取显著收缩和扩张的基因家族

    第十四天

    共线性分析

    1. 使用 MCScanX
    2. 物种间共线性分析

    3. 物种内共线性分析

    4. 共线性画图

    第十五天

    正选择分析

    1. 正选择分析原理

    2. 物种间直系同源基因鉴定

    3. 使用 KaKs_Calculator /PAML进行正选择分析

    第十六天

    全基因组复制事件(WGD)研究

    1. 全基因组复制分析原理

    2. 基于 Ks 进行全基因组复制分析

    3. WGD 分析结果绘图

    第十七天

    Circos 绘图

    1. circos 软件基本介绍

    2. 绘图数据准备

    3. circos配置文件讲解

    4. 使用circos 软件进行绘图

    第十八天

    扩展:转座子相关分析

    1. 转座子详细分类

    2. LTR 转座子鉴定

    3. LTR 插入时间估计

    第十九天

    扩展:物种基因组数据库搭建

    1.动植物基因组数据库整理

    2.基因组数据库框架搭建

    3. 在线 blast 功能搭建

    4. 基因搜索功能搭建

    5. Jbrowse 基因组浏览器搭建

    6. FTP 数据共享功能搭建

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

    主讲老师 王莹

    曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。

    擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。

    发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 常见问题

    1. 在哪里学习?

    • PC 端:genek.cn 点视频课;

    • 微信端:"基因课" 公众号点视频课;

    • 可以无限次回放。

    2. 如何互动答疑?

    • 直播期间:学员可以通过文字提问
    • 直播结束后:学员可以进入腾讯会议语音互动,分享屏幕
    • 终生答疑:直播结束后,每周一到周四,腾讯会议的答疑继续

    3. 我是零基础,能学会吗?

    赠送《测序原理》、《linux 操作》等基础课程,零基础学员可以提前预习。

    相比线下培训,线上培训给了学员充足的时间练习,完全可以掌握。

    4. 电脑配置有什么要求?

    没有特别高的要求,平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    5. 如何报名?

    推荐直接线上购买,如需对共转账,请联系我们。

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    银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905

    转账备注“单位-姓名”。

    5. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:可提供培训通知、会议通知
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
    • 合同:可提供合同、发票清单等