基因组与比较基因组专题培训班

1. illumina 、PacBio 、Nanopore 测序原理

2. Linux 基础

1. 已发表动植物基因组文章整理

2. 基因组分析内容、图表全面梳理

3. 基因组分析软件、方法全面梳理

1. Linux 基础回顾

2. Singularity 容器技术介绍

3. 使用 Singularity 一键部署基因组分析流程

1. 基因组 Survey 原理

2. 使用 jellyfish 进行 Kmer 分析及曲线绘制

3. 使用 gce 及 genomescope2 进行基因组大小、

杂合度和重复序列含量估计

4. 基因组测序及拼接策略制定

1. 二代和三代数据拼接原理

2. 二代拼接实操：使用soapdenovo2、spades进行基因组拼接

3. 三代拼接实操：使用ONT、PacBio CLR和HiFi数据进行基因组拼接

4. 二、三代测序数据混合拼接

5. 使用 racon基于三代测序数据对拼接结果进行校正

6. 使用 pilon 基于二代测序数据对拼接结果进行校正

7. 组装结果评价

8. 基于HiC数据进行染色体挂载

1. 重复序列分类

2. 重复序列的 de novo 注释

3. 重复序列注释与结果统计

1. 基因结构注释方法原理

2. 基因结构注释实操：Augustus 参数模型训练

3. 基因结构注释实操：使用 Maker 进行基因结构注释

4. 细节处理：ID 转换、格式标准化等

1. Blast 与基于序列相似性的功能注释

2. Hmmer 与基于保守结构的功能注释

3. Gene Ontoloty 功能分类数据库介绍

4. KEGG Pathway 数据库介绍

5. 功能注释实操及分析结果统计

6. BUSCO 评价

1. 同源基因与基因家族概念介绍

2. 物种的选择及蛋白序列下载

3. 提取最长转录本代表该基因序列

4. 使用 Orthofinder 进行基因家族鉴定

5. 维恩图绘制

6. 单拷贝基因家族提取

1. 进化树构建及分化时间估计原理

2. 基因树构建实操：使用raxml进行进化树构建

3. 物种树构建实操：使用连接法基于surpergene构建物种树

4. 使用ASTRAL‑II基于基因树构建物种数

5. 使用mcmctree进行分化时间估计

1.基因家族收缩扩张原理及解读

2.实操：使用CAFE软进行基因家族收缩扩张分析

3.提取显著收缩和扩张的基因家族

1. 使用 MCScanX

2. 物种间共线性分析

3. 物种内共线性分析

4. 共线性画图

1. 正选择分析原理

2. 物种间直系同源基因鉴定

3. 使用 KaKs_Calculator /PAML进行正选择分析

1. 全基因组复制分析原理

2. 基于 Ks 进行全基因组复制分析

3. WGD 分析结果绘图

1. circos 软件基本介绍

2. 绘图数据准备

3. circos配置文件讲解

4. 使用circos 软件进行绘图

1. 转座子详细分类

2. LTR 转座子鉴定

3. LTR 插入时间估计

1.动植物基因组数据库整理

2.基因组数据库框架搭建

3. 在线 blast 功能搭建

4. 基因搜索功能搭建

5. Jbrowse 基因组浏览器搭建

6. FTP 数据共享功能搭建