• 课程安排

    转座子（TE）是基因组的重要组成部分，甚至占据基因组80%以上。本次课程详细介绍转座子注释，转座子对基因组大小的影响、转座子的爆发与清除、转座子的家族分析和表达活性分析等。课程包含理论和全套流程代码的演示。

    Fig1：课前预习

    课前预习

    赠送课程

    1. Linux 基础、Singularity容器的使用

    2. R 语言基础

    3. 测序原理

    第一天

    背景知识概要及软件安装

    1. 转座子分类

    2. 全基因组转座子注释方法概述

    3. 转座子的泛基因组分析概述

    4. 转座子的家族分析概述

    5. 转座子的转录组（活性）分析概述

    6. 经典文献解读

    7. 转座子分析软件的安装

    第二天

    TE的注释

    1. 转座子注释原理和方法

    2. 使用 Repeatmodeler + RepeatMasker 进行注释

    3. 使用 EDTA 进行注释

    4. 使用 DeepTE 进行 TE 进一步分类

    5. 解决未分类过多的问题

    6. TE 统计、沿染色体分布等

    第三天

    TE的家族分析

    1. TE 与 genome size 的关系（基因组为什么增大？）

    2. TE的精细分类及含量比较（哪一类TE增多？）

    3. LTR 插入时间统计及绘图（是否有LTR爆发？）

    4. LTR solo intact 统计（是否有LTR快速清除？）

    5. LTR 沿基因组分布及绘图（是否有LTR串联复制？）

    第四天

    TE的泛基因组分析

    1. 同种/同属之间如何更精细的比较？

    2. 构建 pan genome TE library

    3. pan genome TE 注释

    4. pan genome 物种间 TE 的比较分析

    第五天

    TE的表达活性分析

    1. TE 的表达与活性

    2. TE 的转录组分析与编码基因分析方法的不同

    3. TE 的转录组分析

    4. TE 的差异表达分析

    售后服务

    答疑

    1. 直播期间：微信群随时答疑
    2. 直播期间：课前半小时，腾讯会议答疑
    3. 课程结束后：每周一到周四，腾讯会议答疑
  • 课程安排部分引用的图片来自以下文献

    [1] Piégu, B. et al., 2015. A survey of transposable element classification systems – A call for a fundamental update to meet the challenge of their diversity and complexity. Molecular Phylogenetics and Evolution, 86, pp.90–109.

    [2] Daccord, N. et al., 2017. High-quality de novo assembly of the apple genome and methylome dynamics of early fruit development. Nature Genetics, 49(7), pp.1099–1106.

    [3] Pasquesi, G.I.M. et al., 2020. Vertebrate Lineages Exhibit Diverse Patterns of Transposable Element Regulation and Expression across Tissues. Genome Biology and Evolution, 12(5), pp.506–521.

    [4] Wang, L. et al., 2022. Comparative Analysis of Transposable Elements and the Identification of Candidate Centromeric Elements in the Prunus Subgenus Cerasus and Its Relatives. Genes, 13(4), p.641.

    [5] Aroh, O. & Halanych, K.M., 2021. Genome-wide characterization of LTR retrotransposons in the non-model deep-sea annelid Lamellibrachia luymesi. BMC Genomics, 22(1).

  • 讲师介绍

    十年以上经验生物信息工程师授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月，专注于生物信息学培训。

    基因课网校：已完成20余门视频课程的开发，累计学员 20000 余人。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因，担任CTO。
    2017年创办基因课，专注生物信息学培训。

    发表文章：麻疯树基因组计划（the plant journal）、鹰嘴豆基因组计划（Nature Biotechnology）、 芝麻基因组计划（Genome Biology）、猕猴桃群体研究（New Phytologist）。

  • 立即报名！

    全面、系统的学习生物信息

    本期课程

    仅学习本期课程

    ¥2400.00

    本期

    本期课程直播+视频回放

    腾讯会议答疑

    赠送：分析流程、教材

    服务器账号供练习

     

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    可学习基因课线上线下全部课程

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    每年

    基因课课程全部开放

    会员专享免预约腾讯会议答疑

    包含：

    《基因组与比较基因组专题课程》

    《重测序与群体遗传专题课程》

    《转录组与表达挖掘专题课程》

    《ChIP-Seq数据分析专题课程》

    《单细胞转录组分析专题课程》

    《生物信息平台搭建专题课程》

    《R语言与出版级绘图专题课程》

    《叶绿体、线粒体专题课程》

    《细菌真菌基因组专题培训班》

    《长非编码RNA与表达调控专题》

    《 蛋白质组学专题培训》

    《代谢组与脂质组学》

    《甲基化测序数据分析》

    《生物信息入门之 Linux》

    《生物信息入门之 R》

    《生物信息入门之 Python》等

    赠送：

    全套分析流程、教材

    服务器账号供练习

  • 常见问题

    1. 如何咨询？

    • 客服：15337132798（微信同号）
    • 张老师：18617043002（微信同号）

    2. 在哪里学习？

    • PC 端：www.genek.cn 点视频课；

    • 微信端："基因课" 公众号点视频课；

    • 课程有效期内可以无限次回放。

    3. 我是零基础，能学会吗？

    1. 学习本次课程必须先掌握测序原理、Linux的简单操作，可以先学习赠送的《15天入门生物信息》课程，一般3到5天可以掌握这些基础；

    2. 相比线下培训，线上培训给了学员充足的时间练习，配合答疑，完全可以掌握。

    4. 没时间参加直播怎么办？

    1. 当天直播结束后10分钟左右，回放会自动生成。

    2. 课程期间每天课前或课后都会安排腾讯会议答疑；课程结束后，每周一到周四都会安排腾讯会议答疑。

    3. 视频回放结合持续的答疑，可以实现和看直播相当的效果。

    5. 电脑配置有什么要求？

    平时使用比较流畅就可以，没有特别要求。我们会为大家提供高性能服务器练习使用，大多数据分析都是在服务器完成，个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    6. 如何报名？

    推荐直接线上购买，如需对公转账，请联系我们。

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    银行对公转账
    户名：武汉简并科技有限公司
    开户银行：汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号：005041000451905

    开户行行号：313521000982

    转账备注“单位-姓名”。

    7. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知：可提供培训通知、会议通知
    • 发票：可开培训费、会议费、技术服务费等，其他请联系客服
    • 合同：可提供合同、清单等

  • 学员评价

    好评如潮潮潮潮潮潮潮潮潮

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