陪你学生信
慢直播：基因家族分析
2020年8月3 - 23日 ｜ 每周一三五七 19:30 - 21:30 ｜ 线上直播
慢直播：可能是最好的学习方式
互动直播 + 腾讯会议终生答疑 + 无限次回看 + 赠送服务器
线下培训班
固定城市
连续 5天
没时间练习消化
无法回看视频
课间面对面答疑
课后答疑不及时
成本：4500 + 交通住宿
推荐
基因课慢直播
有网络就行
持续 20 天左右
充足的时间练习和消化
视频无限回看
课间腾讯会议互动答疑
课后每周一到周四仍然有腾讯会议答疑，保证遇到问题及时解决
成本：2900 + 网费和电费
送：11门视频课程
送：一年服务器使用权
连续直播
有网络就行
连续几天
没时间练习和消化
视频无限回看
课间文字答疑
课后答疑不及时
成本：2900 + 网费和电费
课程安排
持续 21天慢直播。彻底入门生物信息，彻底掌握基因家族分析，完整重复一篇 3分小文章。
第一天
Linux基础
- Linux 简介
- 远程登陆
- 数据传输
- Linux 常用命令
第二天
软件安装
- 使用 conda 自动安装和管理软件
- 手动编译和安装软件
- 基因家族分析软件安装：blast hmmer muscle raxml 等
- MEGA、TBtools 安装
第三天
一个简单的基因家族分析
- 文献中基因家族分析解读
- 任务练习：完成复现文章中油脂合成基因家族分析
- 高级命令：awk、sed、grep、uniq、sort 、wc 等
- 任务的后台运行
- 任务的监控和管理
第四天
基因家族概念
- 基因家族的概念及分级
- 精读 2篇基因家族文献
- 泛读 5篇基因家族文献
- 基因家族分析流程汇总
第五天
数据准备
1. 常用基因组数据库介绍及数据下载
- JGI基因组数据库介绍及数据下载
- ensemble基因组数据库介绍及数据下载
- NCBI基因组数据下载
2. 从各数据库下载的基因组数据处理
- 提取最长转录本
- 基于最长转录组本提取 gff/gtf 文件
第六天
基因家族鉴定（上）
1. 基因家族分析常用数据库介绍
- pfam 结构域数据库
- uniprot 蛋白质数据库
- 转录因子、p450、植物抗性基因数据库介绍
2. 方法一：基于结构域鉴定基因家族成员
第七天
基因家族鉴定（下）
1. 方法二：基于序列相似性鉴定基因家族成员
2. 结构域和序列比对鉴定结果整合
3. 基因家族成员汇总统计
第八天
基因树构建
1. 进化树构建原理
2. 多序列比对及结果展示
3. 基因家族进化树构建及美化
4. 亚家族或 group 确定
第九天
基因结构和 motif 分析
1. 基因家族成员motif 鉴定
2. Sequence logo 图绘制
3. 基因家族成员基因结构图绘制
第十天
家族成员在染色体上的分布
1. 基于共线性鉴定基因家族复制方式
2. 基因家族在染色体上分布核型图
3. 基因家族成员在染色体上分布circos图
第十一天
基因家族成员表达分析
1. 基因家族成员表达量热图绘制
2. 基因家族成员表达量直方图绘制
3. 基因家族成员表达量相关性分析
第十二天
基因家族比较基因组分析
1. 多物种基因家族进化树构建及展示
2. 物种间共线性分析和绘图
3. 物种间基因微共线性分析和绘图
4. 基因家族的收缩和扩张
