慢直播：给生物专业的 Python 编程课
2020年11月23日 - 12月3日 ｜每晚 20:00 - 22:00 ｜ 线上直播
（每晚课前半小时腾讯会议答疑）课程简介
互动直播 + 腾讯会议答疑 + 无限次回看
学习方式
- 在线直播
- 每天晚上 2小时，共10天
- 无限次回看视频
- 通过微信群、腾讯会议终生答疑
配套资料
- 自编配套教材
- 一整套分析代码和测试数据
- 预装了所有软件的 Linux 服务器
- 赠送18天的普通转录组直播课程
- 赠送 Linux、Perl、Python 、ggplot 、转录组等10门生物信息基础课程
课程安排
本次课程将系统介绍 Python 在生物信息学中的应用，适合生物和医学专业参加。
后2天课程增加了 awk 和 sed 命令的详解，用于处理个性化的问题。
第一天 环境搭建
1. Linux、Perl、Python、R、C 语言比较
2. 基础开发环境搭建：安装 Python 和模块
3. Python 程序的运行方式：交互式、脚本式、解释器等
4. 集成开发环境的选择（anaconda、VSCode、Pycharm、Spyder、Rstudio）
5. 如何使 Python 与R、Linux 无缝对接
6. 集成开发环境部署和使用
第二天 Python 基础（上）
1. 通过一个例子快速入门
2. 基础数据类型：数值和字符串
3. 序列型变量：列表（list）和元祖（tuple）
4. 键值型变量：字典（dict）和集合（set）
5. 理解变量的动态类型
6. 理解可变类型和不可变类型
第三天 Python 基础（下）
1. 流程控制：循环（for）、条件（if）
2. 高级特性：切片
3. 高级特性：迭代
4. 高级特性：列表生成式
5. 定义自己的函数
第四天 字符串与正则表达式
1. 常用字符处理函数
2. 正则表达式详解
3. re 模块介绍
4. 匹配和捕获
第五天 生信编程（上）：fasta 格式处理
1. 生物信息常见数据格式介绍
2. BioPython 介绍
3. 使用 Seq 对象 和 SeqRecord 对象存储序列
4. 使用 SeqIO 解析 fasta 文件
第六天 生信编程（中）：重写 seqtk 软件
1. 实战一：计算基因序列总长
2. 实战二：提取最长基因
3. 实战三：序列反向互补、序列转录和翻译
4. 实战四：随机抽取序列
5. 实战五：根据编号提取序列、根据位置提取序列
6. 实战六：序列改名字
第七天 生信编程（下）：gff/gtf 格式处理
1. gffutils 模块详解
2. 实战一：对不同物种不完整的 gff 文件进行处理
3. 实战二：提取最长转录本
第八天 数据科学
1. numpy 模块介绍
2. pandas 模块介绍
3. matplotlib 模块介绍4. Python 与 R 的无缝对接
第九天 sed 与 awk （上）
1. grep sed awk基本介绍
2. 正则表达式介绍
3. grep基本使用
4. sed 基本用法介绍
5. sed中的替换、打印等命令
6. sed中正则表达式及定址使用第十天 sed 与 awk （下）
1. awk 使用方法讲解
2. 字段、记录及打印输出
3. 模式中表达式的使用
4. 条件判断、循环的使用
5. 常用内置函数介绍
6. 实战一：计算fasta文件每条序列长度及总长
7. 实战二：统计gff3文件每个转录本长度讲师介绍
十年以上经验生物信息工程师授课
基因课介绍
成立于 2017年7月，专注于生物信息学培训。
基因课网校：已完成 30多 门视频课程的开发，累计学员 8000 余人。
线下培训班：武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办培训班 30多 期。
Python 部分主讲老师 张旭东
曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
2014年合伙创办贝纳基因，担任CTO。
2017年创办基因课，专注生物信息学培训。发表文章：麻疯树基因组计划（the plant journal）、鹰嘴豆基因组计划（Nature Biotechnology）、 芝麻基因组计划（Genome Biology）、猕猴桃群体研究（New Phytologist）。
awk sed 部分主讲老师 王莹
曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。
擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。
发表文章：甲藻基因组（Science）、穿心莲基因组（The Plant Journal）、野生大豆基因组（Nature Communications）、菊花基因组（Molecular Plant）、鹰嘴豆基因组计划（Nature Biotechnology）、 芝麻基因组计划（Genome Biology）、猕猴桃群体研究（New Phytologist）。
常见问题
1. 在哪里学习？
PC 端：www.genek.cn 点视频课；
微信端："基因课" 公众号点视频课；
可以无限次回放。
2. 如何互动答疑？
- 直播期间：学员可以通过文字提问
- 直播结束后：每晚腾讯会议答疑，学员可以共享屏幕
3. 我是零基础，能学会吗？
本科课程分为两部分：
第一部分 Python 编程，8天，不需要任何基础，能学会。
第二部分 awk 和 sed，2天，需要 Linux 基础。
4. 电脑配置有什么要求？
建议 4G以上内存，如果自己电脑配置不够，我们准备了云端的练习系统供学员使用。
5. 如何报名？
推荐直接线上购买，如需对公转账，请联系我们。
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银行对公转账
户名：武汉简并科技有限公司
开户银行：汉口银行股份有限公司光谷分行
账 号：005041000451905转账备注“单位-姓名”。
6. 关于合同、发票、培训通知
- 通知：可提供培训通知、会议通知
- 发票：可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
- 合同：可提供合同、发票清单等
- 请到基因课公众号菜单索取发票
- 联系我们
留言或直接联系我们
