慢直播:给生物专业的 Python 编程课
2020年11月23日 - 12月3日 |每晚 20:00 - 22:00 | 线上直播
(每晚课前半小时腾讯会议答疑)
课程简介
互动直播 + 腾讯会议答疑 + 无限次回看
学习方式
配套资料
课程安排
本次课程将系统介绍 Python 在生物信息学中的应用,适合生物和医学专业参加。
后2天课程增加了 awk 和 sed 命令的详解,用于处理个性化的问题。
第一天 环境搭建
1. Linux、Perl、Python、R、C 语言比较
2. 基础开发环境搭建:安装 Python 和模块
3. Python 程序的运行方式:交互式、脚本式、解释器等
4. 集成开发环境的选择(anaconda、VSCode、Pycharm、Spyder、Rstudio)
5. 如何使 Python 与R、Linux 无缝对接
6. 集成开发环境部署和使用
第二天 Python 基础(上)
1. 通过一个例子快速入门
2. 基础数据类型:数值和字符串
3. 序列型变量:列表(list)和元祖(tuple)
4. 键值型变量:字典(dict)和集合(set)
5. 理解变量的动态类型
6. 理解可变类型和不可变类型
第三天 Python 基础(下)
1. 流程控制:循环(for)、条件(if)
2. 高级特性:切片
3. 高级特性:迭代
4. 高级特性:列表生成式
5. 定义自己的函数
第四天 字符串与正则表达式
1. 常用字符处理函数
2. 正则表达式详解
3. re 模块介绍
4. 匹配和捕获
第五天 生信编程(上):fasta 格式处理
1. 生物信息常见数据格式介绍
2. BioPython 介绍
3. 使用 Seq 对象 和 SeqRecord 对象存储序列
4. 使用 SeqIO 解析 fasta 文件
第六天 生信编程(中):重写 seqtk 软件
1. 实战一:计算基因序列总长
2. 实战二:提取最长基因
3. 实战三:序列反向互补、序列转录和翻译
4. 实战四:随机抽取序列
5. 实战五:根据编号提取序列、根据位置提取序列
6. 实战六:序列改名字
第七天 生信编程(下):gff/gtf 格式处理
1. gffutils 模块详解
2. 实战一:对不同物种不完整的 gff 文件进行处理
3. 实战二:提取最长转录本
第八天 数据科学
1. numpy 模块介绍
2. pandas 模块介绍
3. matplotlib 模块介绍
4. Python 与 R 的无缝对接
第九天 sed 与 awk (上)
1. grep sed awk基本介绍
2. 正则表达式介绍
3. grep基本使用
4. sed 基本用法介绍
5. sed中的替换、打印等命令
6. sed中正则表达式及定址使用
第十天 sed 与 awk (下)
1. awk 使用方法讲解
2. 字段、记录及打印输出
3. 模式中表达式的使用
4. 条件判断、循环的使用
5. 常用内置函数介绍
6. 实战一:计算fasta文件每条序列长度及总长
7. 实战二:统计gff3文件每个转录本长度
讲师介绍
十年以上经验生物信息工程师授课
基因课介绍
成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。
基因课网校:已完成 30多 门视频课程的开发,累计学员 8000 余人。
线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办培训班 30多 期。
Python 部分主讲老师 张旭东
曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
2017年创办基因课,专注生物信息学培训。
发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。
awk sed 部分主讲老师 王莹
曾任华大基因、贝纳基因高级生物信息工程师。
擅长基因组拼接、比较基因组和进化分析。
发表文章:甲藻基因组(Science)、穿心莲基因组(The Plant Journal)、野生大豆基因组(Nature Communications)、菊花基因组(Molecular Plant)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。
常见问题
1. 在哪里学习?
PC 端:www.genek.cn 点视频课;
微信端:"基因课" 公众号点视频课;
可以无限次回放。
2. 如何互动答疑?
3. 我是零基础,能学会吗?
本科课程分为两部分:
第一部分 Python 编程,8天,不需要任何基础,能学会。
第二部分 awk 和 sed,2天,需要 Linux 基础。
4. 电脑配置有什么要求?
建议 4G以上内存,如果自己电脑配置不够,我们准备了云端的练习系统供学员使用。
5. 如何报名?
推荐直接线上购买,如需对公转账,请联系我们。
--------------------------------------
银行对公转账
户名:武汉简并科技有限公司
开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
账 号:005041000451905
转账备注“单位-姓名”。
6. 关于合同、发票、培训通知
留言或直接联系我们