基因课

1. 视频课程：《生物信息入门之 R》

2. 安装软件：R、Rstudio

1. R语言介绍

2. 快速入门：通过一个例子，30分钟理解编程语言的框架

3. 环境部署：R、Rstudio、包的安装

4. 数据类型：数值型、字符型、逻辑型

5. 数据结构：向量、数据框、列表、因子等

6. 流程控制：循环、条件

7. 输入输出

1. Tibble 数据结构介绍，与数据框的转换

2. 使用 dplyr 进行数据筛选和过滤
3. 分组统计
4. 多表关联

1. 转录组测序原理与方案设计

2. 表达数据挖掘思路串讲

3. 差异表达分析

4. 富集分析

5. 相关性分析

6. 主成分分析

7. 聚类分析
8. WGCNA

1. 样本相关性分析及绘图
2. 聚类分析及绘图
3. 主成分分析

3.1 screeplot：主成分解释度图
3.2 biplot：主成分二维图

3.3 loadingsplot：关键基因展示
4. WGCNA 加权共表达分析4.1 共表达网络构建
4.2 模块与表型关联分析及绘图
4.3 关键模块 Cytoscape 网络可视化
4.4 Hub 基因鉴定

1. 差异表达分析
1.1 差异分析火山图绘制
1.2 差异基因的 HeatMap 绘图
2. 富集分析

2.1 模式物种富集分析

2.2 非模式物种 OrgDB 构建与富集分析
2.3 GO 富集
2.4 Pathway 富集

1. 蛋白互作网络

1.1 String 数据库介绍
1.2 蛋白互作网络构建

1.3 蛋白互作网络美化

1.4 K-core 解析与关键子网络研究