高通量测序与表观遗传专题

1. 视频课程：《生物信息入门之 Linux》

2. 视频课程：《生物信息软件安装》

3. 视频课程：《测序数据过滤和质控》

4. 服务器安装：blast、fastp、Soapdenovo

5. 个人电脑安装：Mega

1. 测序原理：illumina、PacBio、Nanopore

2. 计算机基础：CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等

3. Linux 常用命令

4. 生物信息软件安装：手动安装、自动安装

5. 高级命令：grep、sort、awk、sed 等

6. 任务练习：测序数据过滤和质控

7. 任务练习：基因家族分析

1. R 和 Rstudio 安装

2. 变量（向量、矩阵、数据框、因子等）

3. 控制流（条件控制、循环控制）

4. 输入输出（读取文件、输出文件）

1.实验原理和实验设计

2.call peaks（无replicate和有replicate；narrow peak or broad peak）

3.高级质控和motif预测

4.Differential peak calling (无replicate和有replicate; pairwise or timeseries)

5.ChIP-seq与RNA-seq关联分析

1.实验原理和实验设计

2.call DHSs 和footprint

3.高级质控、motif预测和搜索

4.差异DHSs 检测和聚类分析

5.转录调控网络分析

1.实验原理和实验设计

2.数据比对和基础分析

3.染色体和基因组功能原件甲基化的动态变化分析

3.DMCs和DMRs检测及分布分析

4.DMRs关联基因的功能分析