课程安排
推荐动植物研究者参加；适合零基础学员参加；
通过五天的学习可以掌握 Linux 基础、R语言基础、Chip-Seq、ATAC-Seq 和 BS-Seq 数据分析
课前预习
提前预习基因课视频（www.genek.tv）、安装软件
1. 视频课程：《生物信息入门之 Linux》
2. 视频课程：《生物信息软件安装》
3. 视频课程：《测序数据过滤和质控》
4. 服务器安装：blast、fastp、Soapdenovo
5. 个人电脑安装：Mega
第一天
Linux 基础
1. 测序原理：illumina、PacBio、Nanopore
2. 计算机基础：CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等
3. Linux 常用命令
4. 生物信息软件安装：手动安装、自动安装
5. 高级命令：grep、sort、awk、sed 等
6. 任务练习：测序数据过滤和质控
7. 任务练习：基因家族分析
第二天
R 语言基础
1. R 和 Rstudio 安装
2. 变量（向量、矩阵、数据框、因子等）
3. 控制流（条件控制、循环控制）
4. 输入输出（读取文件、输出文件）
第三天
Chip-Seq
1.实验原理和实验设计
2.call peaks（无replicate和有replicate；narrow peak or broad peak）
3.高级质控和motif预测
4.Differential peak calling (无replicate和有replicate; pairwise or timeseries)
5.ChIP-seq与RNA-seq关联分析
第四天
ATAC-Seq
1.实验原理和实验设计
2.call DHSs 和footprint
3.高级质控、motif预测和搜索
4.差异DHSs 检测和聚类分析
5.转录调控网络分析
第五天
BS-Seq
1.实验原理和实验设计
2.数据比对和基础分析
3.染色体和基因组功能原件甲基化的动态变化分析
3.DMCs和DMRs检测及分布分析
4.DMRs关联基因的功能分析
