基因组与比较基因组专题培训班

1. 视频课程：《生物信息入门之 Linux》

2. 视频课程：《生物信息软件安装》

3. 视频课程：《测序数据过滤和质控》

4. 服务器安装：blast、fastp、Soapdenovo

5. 个人电脑安装：Mega

1. 测序原理：illumina、PacBio、Nanopore

2. 计算机基础：CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等

3. Linux 常用命令

4. 生物信息软件安装：手动安装、自动安装

1. 高级命令：grep、sort、awk、sed 等

2. 任务练习：测序数据过滤和质控

3. 任务练习：基因家族分析

1. 基因组Survey：基因组大小、杂合度、重复序列含量评估

2. 拼接策略制定：二代、三代、Hi-C等

3. 拼接原理

4. 拼接软件：SOAPdenovo2、canu、pilon 等

1. 重复序列注释：RepeatMasker

2. 基因结构注释：使用 BRAKER 训练参数模型

2. 基因结构注释：使用 Maker 自动化注释

3. 基因功能注释：eggnog-mapper 结合自主开发流程

1. 基因家族鉴定：orthofinder、韦恩图

2. 物种树构建

3. 共线性分析：MCscanX、共线性图

4. 基因家族分析：同源基因鉴定、进化树构建、进化树美化
5. 正选择分析