陪你学生信
课程安排
推荐动植物研究者参加；不适合医学从业者参加；合适零基础学员参加；
通过五天的学习可自行完成重测序的基本分析，掌握群体遗传学分析、关联分析等
课前预习
预习视频并安装软件
1. 视频课程：《生物信息入门之 Linux》
2. 视频课程：《生物信息软件安装》
3. 视频课程：《测序数据过滤和质控》
4. 个人电脑安装：MobarXterm、FileZilla、IGV
第一天
Linux 基础
1. illumina 测序原理
2. Linux 常用命令
3. 生物信息软件安装
4. 任务实操：测序数据过滤和质控
第二天
重测序基础分析：变异检测
1. 测序数据比对到参考基因组：bwa、samtools 等
2. 变异检测：使用 GATK 进行 SNP/INDEL 检测
3. 变异注释：预测变异对功能的影响
4. 格式解读：sam/bam、vcf/bcf、ped/bed
5. 常用工具：vcftools、bedtools、picard、plink等
第三天
群体结构分析：探索不同亚群、品系之间的进化关系
1. 群体进化树构建
2. 群体 Structure
3. 连锁不平衡分析
第四天
群体选择分析：探索选择与驯化在基因组上留下的印记
1. 单群体多样性参数：π、Tajima'D
2. 群体间差异选择区域分析：Fst
第五天
群体关联分析：探索基因与性状的关联
1. GWAS：全基因组关联分析
2. BSA：基于混池测序的基因定位
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