生物信息平台搭建

1. 视频课程：《生物信息入门之 Linux》《生物信息入门之 Python》

2. 个人电脑安装：MobarXterm（远程登录）、Anaconda（Python开发环境）

1. 服务器选购：从 5千 到 50万的服务器配置，戴尔、浪潮的配置清单供参考

2. 组建 RAID 阵列确保数据安全

3. 现场演示 Linux 系统安装

4. 磁盘分区、格式化

5. 磁盘配额：控制每个用户的空间大小

6. 服务器网络配置

7. 远程登录与 SSH 服务服务配置

8. 管理面板安装：可视化管理服务器

1. 基础软件安装

   - R 语言和 R 包的自动化安装

   - Perl 语言和 Perl 模块的自动化安装

   - Python 语言与 Python 模块的自动化安装

2. Rstudio Server 安装与配置

3. Blast Server 部署：拥有私有 Blast 网站

4. Anaconda 安装和配置

5. 生物信息数据库部署

6. 常见物种参考基因组下载和管理

1. 50款常用生物信息软件安装

   - 基本工具：fastqc、fastp、blast+、Diamond、Bowtie2、muscle、RAxML 等

2. 基因组分析软件和流程部署
    - 安装 Jellyfish、GCE、ALLPATH-LG、CANU、RepeatMasker、Augustus、Maker、Orthofinder、MCScanX 等软件

   - 部署基因课提供的整套基因组分析流程

3. 转录组分析软件软件和流程部署

   - 安装 Trinity、Hisat2、StringTie、corset、RSEM、DESeq2、edgeR、ClusterProfiler 等软件

   - 部署基因课提供的整套转录组分析流程
4. 重测序分析软件安装和流程部署
- 安装 BWA、samtools、picard、bedtools、vcftools、bcftools、GATK、SNPEff 等软件

   - 部署基因课提供的整套重测序分析流程

1. Perl、Python、R、C、Java等语言比较

2. Python 编程环境搭建

3. 数据类型：数值型、字符型、布尔型

4. 数据结构：标量、列表、字典

5. 流程控制：条件控制、循环控制

6. 输入输出：读取文件内容，输出结果

1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息

2. 读取外部参数

3. 项目实战：根据基因位置、名称提取基因序列

4. 项目实战：处理 blast 比对结果

5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件

6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容

1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息

2. 读取外部参数

3. 项目实战：根据基因位置、名称提取基因序列

4. 项目实战：处理 blast 比对结果

5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件

6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容

1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息

2. 读取外部参数

3. 项目实战：根据基因位置、名称提取基因序列

4. 项目实战：处理 blast 比对结果

5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件

6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容

1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息

2. 读取外部参数

3. 项目实战：根据基因位置、名称提取基因序列

4. 项目实战：处理 blast 比对结果

5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件

6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容