生物信息平台搭建
武汉 | 2020年 1 月 15 日 - 19 日
课程安排
本次课程需有 Linux 基础,至少需掌握常用的 20 个 Linux 命令。
不是我做你看,而是带着你纯实战。
每个学员分配一台服务器,手把手带你搭建生物信息平台、部署分析流程。
课前预习
预习基因课视频课程(www.genek.tv)并安装软件
1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》《生物信息入门之 Python》
2. 个人电脑安装:MobarXterm(远程登录)、Anaconda(Python开发环境)
第一天
服务器搭建
1. 服务器选购:从 5千 到 50万的服务器配置,戴尔、浪潮的配置清单供参考
2. 组建 RAID 阵列确保数据安全
3. 现场演示 Linux 系统安装
4. 磁盘分区、格式化
5. 磁盘配额:控制每个用户的空间大小
6. 服务器网络配置
7. 远程登录与 SSH 服务服务配置
8. 管理面板安装:可视化管理服务器
第二天
基本功能配置
1. 基础软件安装
- R 语言和 R 包的自动化安装
- Perl 语言和 Perl 模块的自动化安装
- Python 语言与 Python 模块的自动化安装
2. Rstudio Server 安装与配置
3. Blast Server 部署:拥有私有 Blast 网站
4. Anaconda 安装和配置
5. 生物信息数据库部署
6. 常见物种参考基因组下载和管理
第三天
分析流程部署
1. 50款常用生物信息软件安装
- 基本工具:fastqc、fastp、blast+、Diamond、Bowtie2、muscle、RAxML 等
2. 基因组分析软件和流程部署
- 安装 Jellyfish、GCE、ALLPATH-LG、CANU、RepeatMasker、Augustus、Maker、Orthofinder、MCScanX 等软件
- 部署基因课提供的整套基因组分析流程
3. 转录组分析软件软件和流程部署
- 安装 Trinity、Hisat2、StringTie、corset、RSEM、DESeq2、edgeR、ClusterProfiler 等软件
- 部署基因课提供的整套转录组分析流程
4. 重测序分析软件安装和流程部署
- 安装 BWA、samtools、picard、bedtools、vcftools、bcftools、GATK、SNPEff 等软件
- 部署基因课提供的整套重测序分析流程
第四天
Python 基础
1. Perl、Python、R、C、Java等语言比较
2. Python 编程环境搭建
3. 数据类型:数值型、字符型、布尔型
4. 数据结构:标量、列表、字典
5. 流程控制:条件控制、循环控制
6. 输入输出:读取文件内容,输出结果
第五天
小程序开发
1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息
2. 读取外部参数
3. 项目实战:根据基因位置、名称提取基因序列
4. 项目实战:处理 blast 比对结果
5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件
6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容
第一天:硬件配置
小程序开发
1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息
2. 读取外部参数
3. 项目实战:根据基因位置、名称提取基因序列
4. 项目实战:处理 blast 比对结果
5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件
6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容
第二天:系统安装
小程序开发
1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息
2. 读取外部参数
3. 项目实战:根据基因位置、名称提取基因序列
4. 项目实战:处理 blast 比对结果
5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件
6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容
第三天:系统安装
小程序开发
1. 统计人类染色体总长、平均长度、GC含量等信息
2. 读取外部参数
3. 项目实战:根据基因位置、名称提取基因序列
4. 项目实战:处理 blast 比对结果
5. 使用 BioPython 处理不同格式的序列文件
6. 使用正则表达式匹配和捕获文本内容
讲师介绍
一线工程师、CNS一作授课
基因课介绍
成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。
基因课网校:已完成 14 门视频课程的开发,累计学员 3000 余人。
线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办快速入门班 11 期、周末成长班 2 期,累计培训学员 500 余人。
主讲老师 张旭东
曾任北京东方国信科技股份有限公司 Java 工程师。
曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
2017年创办基因课,专注生物信息学培训。
发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。
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