慢直播：22天入门生物信息

1. illumina 测序原理

2. 华大智造测序仪测序原理

3. 华大测序仪能否替代 illumina ?

1. PacBio 测序原理

2. Nanopore 测序原理

3. 测序平台比较与应用

1. 服务器配置：内存、硬盘、CPU等

2. Linux 系统介绍

3. 远程登陆

4. 数据传输

1. 目录与文件操作

2. 深入理解绝对路径与相对路径

3. VIM 编辑器的使用

4. 压缩解压、打包解包

1. 从源代码安装生物信息软件

2. 使用 conda 安装和管理生物信息软件

3. conda 加速

1. 如何一键完成所有生物信息软件部署？

2. 彻底解决软件装不上的问题

3. Docker 与 Singularity 容器技术介绍

4. 自行构建生物信息容器

5. 容器运行的三种方式

1.油脂合成相关基因家族分析案例实操

2. 高级命令：awk、sed、grep、uniq、sort 、wc、xargs 等

3. 任务的后台运行

4. 任务的监控和管理

1. 方案设计：测序量与生物学重复

2. 方案设计：混池测序

3. 方案设计：平衡设计与批次效应

4. 比对：软件的选择、比对率

5. 定量：多处比对的处理、基因层次还是isoform层次定量

6. 标准化：CPM、FPKM、TPM、TMM

7. 数据挖掘：差异表达、富集分析、PCA、聚类、富集分析等

1. 如何快速下载公共测序数据？

2. fastq 数据格式介绍

3. 测序数据质量体系介绍

4. 数据过滤与质控

1. 模式物种（人、小鼠等）下载参考基因组、基因注释

2. 普通物种如何下载参考基因组、基因注释

2. 基因组预处理及 seqtk、seqkit 工具的使用

1. gff/gtf 格式介绍、格式转换及 gtftk 工具的使用

2. bed 格式介绍及 bedtools 软件的使用

3. 提取最长转录本

4. 编码基因功能注释

1. 使用 hisat2 将测序数据比对到参考基因组

2. sam/bam 格式介绍及 samtools 工具使用

3. 比对率、覆盖度、深度统计

4. 使用 IGV 进行数据可视化

1. 使用 featureCounts 进行表达定量

2. 使用 R 语言计算 CPM、FPKM、TPM

3. 整合表达矩阵用于后续分析

4. 一键完成差异表达分析

5. 无生物学重复如何进行差异表达分析？

1. Linux 、Shell、R、Perl、Python 在生物信息学中的应用

2. R 语言、Rstudio 、Rstudio Server 安装

3. R 包的安装

1. R Python 比较

2. 一个例子快速入门

3. 数据类型：数值型、字符型、逻辑性

4. 数据结构：向量、数据框、列表、因子

1. 流程控制：条件、循环

2. 函数：参数、返回值等

3. 输入输出：从文本、Excel输入；输出文本、Excel、图片等

1. Tidyverse 体系介绍：tibble、tidyr、dplyr、stringr、purrr 等包

2. tibble：dataframe 与 tibble 的区别和转换

3. dplyr：筛选、过滤、排序

4. 实用技巧：分组统计、双表关联等

1. Tidy data 概念

2. 长数据格式与宽数据格式的转换

3. ggplot2 基本概念

4. ggplot2 绘图入门

1. 样本相关性分析

2. 聚类分析

3. 主成分分析（PCA）

1. 差异表达分析结果统计

2. 使用 EnhancedVolcano 绘制火山图

3. 使用 ggplot2 绘制火山图

4. 使用 pheatmap 绘制热图

5. ggplot2 绘图快速入门

1. 富集分析原理

2. 从 AnnotationHub 提取 OrgDb

3. 使用 AnnotationForge 构建OrgDb

4. clusterProfiler 软件包介绍

5. 人等模式物种的富集分析

6. 普通物种的富集分析

8. GO 富集、KEGG Pathway富集

1. GSEA 富集

2. 富集结果调整：排序、去除不相关Term

3. 富集分析结果常见可视化

4. GSEA 富集结果可视化

5. Pathwayview 绘图