转录组与表达数据挖掘专题培训班

1. 视频课程：《生物信息入门之 Linux》

2. 视频课程：《生物信息软件安装》

3. 视频课程：《测序数据过滤和质控》

4. 个人电脑安装：IGV、R、Rstudio

1. 测序原理：illumina、PacBio、Nanopore

2. 计算机基础：CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等

3. Linux 常用命令

4. 生物信息软件安装

1. 高级生物信息命令：grep、sort、awk、sed 等

2. 后台运行、批处理等技巧

3. 任务练习：测序数据过滤和质控

4. 任务练习：比对到参考基因组（Hisat2 的使用）

5. 任务练习：表达定量（featureCounts 的使用）

6. 可视化：IGV 的使用

1. 方案设计：测序量与生物学重复

2. 方案设计：混池测序

3. 基本原理：FPKM、TPM、TMM

4. 解读公司结题报告

5. 表达数据挖掘思路：如何锁定关键样本、锁定关键基因

6. 差异表达分析：DESeq2、edgeR，一键式差异分析程序

7. 自主开发的全自动转录组分析流程实操（赠送全部代码）

2. 变量（向量、矩阵、数据框、因子等）

3. 控制流（条件控制、循环控制）

4. 输入输出（读取文件、输出文件）

1. 相关性分析

2. 主成分分析：降低数据维度，简化分析

3. 聚类分析：锁定关键基因和关键样本
4. 功能注释：功能注释和GO、Pathway、KOG/COG 分类

5. 富集分析：自主开发的适合所有物种的富集分析方法（emcp）

6. WGCNA：加权共表达网络分析